Блестящий послужной список и славный жизненный путь Ивана Никитича был омрачен, надо признать, совершенным им однажды низким поступком. Во время своей опалы он, по его же выражению, «проштыкнулся», написав несколько доносов — на своего начальника генерал-губернатора А.Д.Балашова (за «парламентаризм»), князя А.Н.Голицына, А.А.Закревского, А.С.Пушкина. В письме о Пушкине от 17 января 1824 г. говорилось: «Я не имею у себя стихов сказанного вертопраха… но, судя по возражениям, до меня дошедшим (также повсюду читающимся), они должны быть весьма дерзки; последние осмеливаюсь представить». Сожалея, что автор «употребил изрядные свои дарования» для сочинения «развратных стихотворений», Скобелев считал, что полезно-де содрать с него за это «несколько клочков шкуры». Как отмечали биографы, мотивами доносов, наряду с желанием вернуть утраченную милость высших сфер, были фанатическая преданность Скобелева службе и его политическая ограниченность, связанная с отсутствием образования.
Будучи комендантом Петропавловской крепости, Иван Никитич оставил о себе добрую память как о сострадательном человеке, стремившемся по возможности облегчить участь узников. Как сообщала в 1870 г. «Русская старина», он «испросил пересылку из крепости в Сибирь на поселение Гаврилы Степановича Батенкова[3], человека, замечательного умом, государственными трудами, подъятыми вместе со Сперанским по устройству Сибири в 20-х гг., и затем двадцатилетним заключением в Петропавловской крепости за участие в событиях 14 декабря».
Много видевший и много знавший Греч, коротко знакомый и с Батеньковым, общавшийся с ним и после его освобождения в 1856 г., рассказывал в своих записках: «Кто помог Батенкову в его ужасном положении? Комендант Иван Скобелев, простой русский человек, выслужившийся из солдат, даже не говоривший по-французски. Он при случае напомнил государю о бедном Батенкове и наконец добился, что его освободили из крепости и отослали на поселение в Томскую губернию».
По поводу другого узника, прапорщика Браккеля, И.Н.Скобелев в ходатайстве военному министру А.И.Чернышеву писал: «Браккель виноват по молодости и неопытности, но он, как вижу, сформирован на благородную стать с чувствами возвышенными, похвальными, а посему, быть может, и я сам подвергнусь Вашему гневу, но осмеливаюсь испросить исходатайствовать ему перевод в место, менее грозное — на гауптвахту».
Собственноручная резолюция государя императора: «Старику Скобелеву я ни в чем не откажу, надеясь, что после его солдатского увещания виновному из Браккеля опять выйдет хороший офицер, выпустить и перевесть в армейский полк тем же чином». На благодарственное письмо Скобелева, в котором он выражал готовность умереть за царя и отечество на поле чести (желание, в старости не раз выражавшееся Скобелевым), «на подлинном написано: государь император изволил прочитать с удовольствием». Это — документ из отдела рукописей Публичной библиотеки.