7 (20) декабря 1917 года на заседании Совнаркома была утверждена Всероссийская чрезвычайная комиссия (ВЧК). Кандидатура В. И. Савинова для работы в этом органе была рассмотрена одной из первых. Здесь работает он со 2 апреля по 9 июля 1918 года в качестве члена коллегии, с ноября 1919 по январь 1920 года — секретарем, членом президиума ВЧК. Под непосредственным руководством Ф. Э. Дзержинского, который личным примером показывал, что и как надо делать, Савинов приобрел все необходимые для чекиста качества.
Одним из крупных контрреволюционных очагов, где происходила напряженная классовая борьба, были Северный Кавказ и Дон. И по предложению Ф. Э. Дзержинского на передний край чекистской работы против многочисленных врагов революции был направлен В. И. Савинов. Его назначили председателем ДонЧК.
Прибыв в Ростов, Василий Иванович застал исключительно сложную обстановку на Дону. Не было спокойно и в самом Ростове. Прошло меньше месяца, как город освободила Красная Армия. Осевшие здесь враждебные элементы — белые офицеры, чины полиции, торговцы, кулаки, уголовники — вели открытую и тайную, одиночную и организованную борьбу против органов Советской власти, партийного и советского актива.
Помня слова Феликса Эдмундовича Дзержинского о том, что наша сила в миллионах трудящихся, которые всегда помогают чекистам в борьбе против врагов революции, по инициативе В. И. Савинова было подготовлено и опубликовано в газете «Советский Дон» обращение, в котором чекисты просили население оказывать активную помощь в борьбе против всех видов враждебной деятельности контрреволюции. На необходимость быстрейшей очистки Ростова от врагов обратил внимание чекистов Ф. Э. Дзержинский, приезжавший в Ростов в 1920 году.
Чекисты Дона под непосредственным руководством В. И. Савинова успешно наносили удары по вражеским гнездам, своевременно предупреждая осуществление их замыслов. Насколько активной была работа чекистов, днем и ночью очищавших Дон от контрреволюции, видно из того, что только за первое полугодие 1920 года было раскрыто 15 активных и многочисленных по составу антисоветских организаций.
Враги распространяли различные антисоветские провокационные слухи, в связи с чем в газете «Советский Дон» 4 июня 1920 года было напечатано следующее обращение:
«Предупреждение от ДонЧК. В последнее время в городах Ростове-на-Дону и Нахичевани-на-Дону, дабы посеять панику среди населения, разные злоумышленники распространяют провокационные слухи о занятии Польшей городов Советской Республики и прочее. ДонЧК предупреждает, что со всеми распространителями подобных провокационных слухов она будет расправляться самым беспощадным образом, вплоть до применения высшей меры наказания. Каждый честный работник и гражданин обязан сообщать ЧК о подобных провокаторах и задерживать таковых на месте преступления. Необходимо составлять протокол в присутствии свидетелей и за их подписью. Председатель ДонЧК В. Савинов».