Представитель РПЦ митрополит Киевский и Галицкий Николай вместе с академиками Н.Н. Бурденко, Б.Е. Веденеевым, Т.Ф. Лысенко, Е.В. Тарле, И.П. Трайниным, лётчицей, Героем Советского Союза B.C. Гризодубовой, секретарём ЦК ВКП(б) А.А. Ждановым, секретарём ВЦСПС Н.М. Шверником, писателем, академиком А.Н. Толстым участвовали в работе Чрезвычайной Государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко - фашистских захватчиков и их сообщников. В том числе расстрела гитлеровцами польских военнопленных в Катыни под Смоленском, который сегодня стараются через подделку документов (как это доказано депутатом Госдумы В.И. Илюхиным) приписать Советскому государству.
Известно, что гитлеровцы на оккупированных территориях привлекли к сотрудничеству отдельных представителей православного ду-ховенства. В то же время многие помогали партизанам и подпольщикам. РПЦ осудила предателей и коллаборационистов.
Осенью 1941 г. в трагические дни обороны Москвы, ко-гда именно через Владимир шла основная эвакуация из Москвы предприятий и учреждений, включая дипломатический корпус, рабочие оборонных предприятий Владимира, отработав от 10 до 14 часов на производстве, шли укреплять фундамент Успенского собора. В этом памятнике мировой культуры до сих пор сохранились фрески Андрея Рублёва. Это заслуга прежде всего первого секретаря Ивановского обкома ВКП(б) Г.Н. Пальцева.
В 1943 г. И.В. Сталин принял руководителей РПЦ, поблагодарил за патриотическую деятельность. Было дано разрешение на открытие духовных учебных заведений, многих церквей, увеличение производства церковной утвари и т.д. Ряд священников был освобожден из заключения. Позднее был учреждён Совет по делам РПЦ, а 8 сентября 1943 г. Собор епископов избрал митрополита Сергия Патриархом Московским и Всея Руси. Ряд представителей РПЦ сражался на фронтах, например, будущие патриарх Пимен, митрополит Нижегородский и Арзамасский Николай. После смерти Сергия в 1944 г. патриархом был избран митрополит Ленинградский и Ладожский Алексий, переживший в Ленинграде всю блокаду. За свою патриотическую деятельность в годы войны и борьбу за мир в послевоенные годы он был награждён четырьмя орденами Трудового Красного Знамени, медалями, в том числе «За оборону Ленинграда».
РПЦ как могла поддерживала морально-психологический дух народа. Кроме того, к концу 1944 г. ею было собрано 150 млн. рублей, на которые построили танковую колонну им. Александра Невского. В те годы средства государству передавали многие организации. Например, милиция Ленинграда (первая в стране награждена орденом Красного Знамени) изъяла у преступников 16 567 939 рублей, 83 971 царский золотой рубль, 4781 доллар, 1369 золотых часов, 146 кг золота в слитках и изделиях.1