1960-й год начался в стране новой волной гонений на Церковь. Последовало Постановление ЦК КПСС, в котором говорилось: "Руководители некоторых партийных организаций не ведут настойчивой борьбы против чуждой идеологии, не дают должного отпора… идеалистической религиозной идеологии…" В печати появились бесчисленные антирелигиозные статьи, брошюры и монографии.
В марте 1960 года Совет по делам Православной Церкви представил Св. Синоду проект церковно-приходской реформы, в результате которой епископы и приходские священники лишались всякой власти. Уже после кончины Владыки Луки, 18 июля 1961 года, состоялся Собор, на котором было проведено изменение Церковного положения.
Вот что писал Владыка незадолго до смерти своей духовной дочери: "Я всецело захвачен и угнетен крайне важными событиями в Церкви Русской, отнимающими у всех архиереев значительную часть их прав. Отныне подлинными хозяевами церкви будут только церковные советы и двадцатки, конечно, в союзе с уполномоченными. Высшее и среднее духовенство останутся только наемными исполнителями богослужений, лишенными большей части власти в распоряжении церковными зданиями, имуществом и деньгами. Вы понимаете, конечно, что я не могу сейчас думать ни о чем другом…"
Приближалась кончина архиепископа, он стал бледным, отказывался от пищи, тяжелые душевные переживания сказывались на состоянии Владыки. Е.П. Лейкфельд вспоминала: "Его несказанно мучил своими действиями против Церкви, постоянно неправильными, уполномоченный, человек жестокий и совершенно беспринципный". "Последнюю свою Литургию совершил на Рождество, последнюю проповедь произнес в Прощеное воскресенье. Проповеднического долга не оставлял до последней минуты, видимо, много молился…” — писала Е.П.Лейкфельд.
Утром 11 июня 1961 года, в воскресенье, когда празднуется память всех святых, в земле Российской просиявших, архиепископ Лука скончался.
"Не роптал, не жаловался. Распоряжений не давал. Ушел от нас утром без четверти семь. Подышал немного напряженно, потом вздохнул два раза и еще едва заметно — и все…" — писала Евгения Павловна сестре Владыки В. Ф. Дзенькович.
"Жизнь его угасла в преклонном возрасте, после продолжительной болезни, исподволь подточившей его физические силы и подготовившей дух его к непостыдной, мирной христианской кончине, — писал в Некрологе Журнала Московской Патриархии прот. Александр Ветелев. — Кончина Преосвященного Луки потрясла не только его паству, но и всех, его знавших. Особенно велика утрата для его паствы. Ведь он пас стадо Божие, какое было у него, надзирая за ним, не принужденно, но охотно и богоугодно, не для гнусной корысти, но из усердия. И не господствуя над наследием Божиим, но подавая пример стаду