Когда Дума приняла амнистию, Примаков на заседании правительства сказал: в местах заключения освобождается много мест для людей, совершивших экономические преступления. Эту фразу как главную новость передали по всем телеканалам. И российские бизнесмены восприняли эти слова всерьез.
Всерьез воспринял эти слова и Ельцин. «Досье», которые приносил Примаков президенту, содержали в себе отнюдь не только цитаты из газет. Компрометирующие факты Примаков собирал и на представителей бизнеса, и на представителей российской власти.
«Держать на крючке» он хотел бы их всех. Примаков намеревался взять под контроль российскую ФСБ, постоянно жалуясь Ельцину на Владимира Путина, упрямо требуя отправить его в отставку. Их отношения сразу не сложились, говорят, еще и потому, что Путин отказался прослушивать разговоры политиков и бизнесменов, на чем настаивал новый премьер. В частности, речь шла о Григории Явлинском, который публично обвинил в коррупции некоторых членов нового кабинета, чем вызвал страшный гнев Примакова.
В ответ Примаков обвинил Путина в том, что он привел в руководство ФСБ слишком много «своих людей» из Питера, чем ослабил кадровый состав коллегии ФСБ. Путин привез в гости Примакову всю коллегию, пытаясь продемонстрировать, что среди его замов — лишь два новых человека из десяти. Еще через некоторое время премьер обвинил Путина в том, что он установил за ним слежку и прослушивание его разговоров. В каждый виток своих непростых отношений с молодым директором ФСБ Примаков упорно втягивал президента.
Этот долгоиграющий конфликт не мог не навести на серьезные размышления. Почему премьер, который призван прежде всего заниматься экономикой, до таких мелочей влезает в дела силовых ведомств? Почему пытается взять под контроль ФСБ, МВД, прокуратуру?
Позднее Ельцин напишет в своей книге: «Возбуждались непонятные уголовные дела. Под арест попадали невинные люди. Часть сотрудников спецслужб не скрывала при допросах и обысках бизнесменов, что ждет реванша за прежние годы… Эта ситуация грозила настоящим расколом страны в главном вопросе — вопросе экономических реформ». Ельцин прав — были в эпоху Примакова конкретные уголовные дела, конкретные арестованные бизнесмены, впоследствии оправданные. Но все-таки суть не в конкретике…
Яростный сторонник Примакова Леонид Млечин обиженно комментирует этот пассаж: «Странно сейчас читать эти слова. Наступление на свободу слова, реванш спецслужб, возбуждение непонятных уголовных дел против видных промышленников, аресты и обыски — все это скорее описывает то, что происходило уже после отставки Примакова, когда президентом стал ельцинский преемник Владимир Владимирович Путин».