Александр Васильевич воспитывал двух детей, вел преподавательскую деятельность, но его постигло еще одно страшное испытание. Однажды вечером к нему пришел сотрудник журнала «Православный собеседник». Они беседовали о журнальных делах, журналист тот был очень грустный, сказал, что у него дома дети болеют дифтеритом. Он ушел, а через несколько дней оба ребенка Александра Васильевича Вадковского заболели дифтеритом, и один за другим умерли. Это случилось в 1882 году. Ему было всего лишь 36 лет, он уже вдовец и человек, потерявший детей. Александр Вадковский для себя сделал выбор очень определенный — он решил принять монашеский постриг. 4 марта 1883 года его постригли с именем Антония Печерского в память об очень уважаемом им Казанском архиерее Антонии (Амфитеатрове). Он остался преподавателем. 6 марта отец Антоний уже иеромонах.
Его пострижение в монашество было воспринято профессорско–преподавательской корпорацией как какое–то юродство; он был вторым монахом после ректора среди преподавателей Казанской Академии, большинство же были миряне. Им казалось странным, что освободившийся от пут семьи вдовец, который вполне может еще вступить во второй брак, статский советник, у которого весьма благополучно складывается карьера, вдруг обрек себя на такую жизненную стезю. Обратите внимание, как это характеризует ситуацию в Казанской Академии: профессора, которые преподают богословие, аскетику, не могут согласиться с тем, что один из коллег принимает монашество. Если мы вспомним митрополита Антония (Храповицкого), который побывал преподавателем в трех, а ректором в двух Академиях и вел нескончаемые битвы с профессорами, то поймем, почему они сформировали потом целую плеяду обновленчески настроенных священнослужителей.
14 ноября 1883 года иеромонах Антоний (Вадковский) был возведен в архимандриты и стал настоятелем Казанского Иоанновского монастыря, но продолжал оставаться профессором Духовной Академии. Это был прецедент, для Казанской Академии необычный. Хочется подчеркнуть, что Антоний не был монахом «условным», он действительно совершал в монастыре монастырскую службу, монашеское правило, и его монашество было своеобразным вызовом весьма секуляризованной профессуре Казанской Академии.
В 1884 году отец Антоний стал инспектором Казанской Духовной Академии, что было, безусловно, полезно, ибо он своим личным авторитетом человека аскетической жизни, своим монашеским саном подвигал студентов, к которым относился всегда весьма мягко, весьма терпимо, на действительно серьезную духовную жизнь. При этом он продолжал свою научную работу, но она, конечно, занимала меньше места в его жизни.