Он вернулся в Россию, и в Рождество 1898 года появился указ о возведении его на кафедру Санкт–Петербургского митрополита после скончавшегося митрополита Палладия, далеко не лучшего иерарха, занимавшего эту кафедру. Первую свою литургию митрополит Антоний отслужил на Рождество в Исаакиевском соборе и 27 декабря въехал в митрополичьи покои в Александро–Невскую Лавру. Он стал первенствующим иерархом Русской Церкви.
Хотелось бы обратить внимание на его удивительный стиль управления епархией, на его удивительный образ жизни. Митрополит Антоний восстанавливает основательно забытую нашими архиереями практику регулярного посещения тюрем, причем, он обязательно посещает тюрьмы в Светлую Седмицу, как это было в допетровской Руси (когда и царь посещал узников, и митрополит Московский). Он активно начинает организовывать материальную помощь заключенным, он возвращается к практике использования «права печалования».
Известна одна, чрезвычайно показательная, история. По делу о заговоре с целью покушения на Александра III, где проходил Александр Ульянов, проходил и один из профессорских стипендиатов СПбДА Новорусский (у него хранился динамит). Его приговорили не к смертной казни, а к длительному сроку заключения в Шлиссельбургской крепости. Митрополит Антоний знал его еще по Академии, он посетил его в Шлиссельбургской крепости и, побеседовав с ним, пришел к выводу, что он раскаялся, и тогда владыка Антоний обратился к Императору с просьбой о помиловании Новорусского. Просьба эта была удовлетворена. Новорусский, освобожденный из Шлиссельбурга, приехал в Петербург, провел несколько дней в покоях митрополита Антония, а потом отправился в Выборг и жил жизнью мирного обывателя, никаких предосудительных действий он уже не совершал.
Одновременно митрополит Антоний осуществлял очень большую деятельность в сфере социальной благотворительности. Он являлся председателем совета Императорского человеколюбивого общества, председателем Попечительства Марии Александровны о слепых, участвовал в деятельности созданного под покровительством императрицы Александры Феодоровны Братства во имя Царицы Небесной. Нужно сказать, что эта благотворительная деятельность митрополита Антония была колоссальных масштабов.
Вот несколько бытовых черт, чрезвычайно ярких. Оказавшись в Петербурге, митрополит Антоний отменил торжественные трапезы, парадный выезд. Он не имел никогда шелковой рясы и ходил всегда в шерстяной, по тем временам это, конечно, было удивительно — первенствующий иерарх Церкви так аскетичен. Оклад у него по тем временам был немалый: 4 000 — годовое содержание и 25 000 — доля кружечного сбора. Из этих 29 000 сразу шли в благотворительные организации, в которых он участвовал, — 27 000; а 2 000 он, как правило, раздавал клирикам, которые к нему приходили, раздавал всем тем, кто нуждался. При этом митрополит Антоний никогда ни к кому не обращался на «ты», что в церковной среде было необычным. Страх перед архиереем, имевший место во многих епархиях, в Петербургской епархии постепенно проходил, почему и духовенство здесь стало поднимать голову и старалось участвовать в каких–то церковных начинаниях. Он чувствовал за собой поддержку петербургского духовенства, почему и сам, со своей стороны, был так активен. Его мягкость, открытость, деликатность не мешали ему быть человеком принципиальным в вопросах, касающихся Церкви и веры. Вы уже имели возможность убедиться в его последовательной жесткой позиции в вопросе о восстановлении Поместного Собора и патриаршества.