Но вслед за экономическим ростом последовал неизбежный на том уровне развития России промышленный кризис 1900–1903 годов, который резко обострил очень многие проблемы в государственной, общественной и экономической жизни. Активизировалась социальная борьба, причем, в этой социальной борьбе — рабочих с предпринимателями, крестьян с помещиками и государством — стали принимать участие непримиримо настроенные политические радикалы из создававшихся тогда политических партий. Эта борьба сразу приобрела очень острый характер. Происходит огромное число забастовок, которые, наряду с экономическими, выдвигают радикальнейшие политические требования — вплоть до низвержения монархии и установления республики.
В деревнях начинаются погромы помещичьих усадеб, то есть выступления с применением насилия со стороны крестьян. Обнаруживается одна из очень важных проблем нашей жизни: индустриализация осуществлялась, по существу, за счет игнорирования сельского хозяйства. Возникает необходимость серьезной корректировки курса преобразований. Обострение ситуации заставляет государство поставить вопрос об экономических, а, значит, и о политических реформах.
В 1904 году 12 декабря появляется императорский указ «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка». Этот указ содержал некоторые общие положения, которыми должен был руководствоваться министр внутренних дел при разработке проекта об изменениях в государственной жизни. Императорский указ включал в себя пункт шестой: «О веротерпимости», в котором говорилось о том, что в общественную и государственную жизнь России необходимо внести элемент веротерпимости. Форму реализации указа должен был выработать комитет министров. Императорский указ и дал толчок к тому, чтобы в комитете министров поставили вопрос о возможности каких–либо изменений в религиозно–общественной жизни России, а значит, возможно, и в жизни Православной Церкви. На заседание комитета министров был приглашен первенствующий член Синода митрополит Антоний (Вадковский), который имел очень большой вес в комитете министров, к нему с большим уважением относился Витте, а впоследствии и Столыпин. Влияние митрополита Антония было велико еще и потому, что в этот период времени он пользовался благоволением Победоносцева и вдовствующей императрицы Марии Феодоровны. Митрополит Антоний на этом заседании высказался за то, чтобы начала веротерпимости и уравнения конфессий были внесены в русскую религиозно–общественную жизнь, подчеркнув, что гонения на иноверцев несовместимы с духом Православной Церкви, и государство должно видеть свою главную задачу не в ограничении прав иноверцев, а в том, чтобы как можно больше дать возможностей самой Православной Церкви в осуществлении своей деятельности.