Все решения Собора будут предварительно обсуждаться, разрабатываться в 22–х отделах (и трех совещаниях), каждый из которых будет заниматься определенным кругом вопросов: Уставный отдел, отдел Высшего церковного управления, Епархиального управления, церковного суда, благоустройства прихода, правового положения Церкви в государстве, богослужения, проповедничества и церковного искусства, церковной дисциплины, внешней и внутренней миссии, единоверчества и старообрядчества, монастырей и монашества, Духовных Академий, Духовных учебных заведений, церковно–приходской школы, преподавания Закона Божия, церковного имущества и хозяйства, правового и имущественного положения духовенства, устройства Православной Церкви в Закавказье (в связи с объявленной грузинами авто кефалии), издательского совета, личного состава. И три совещания: по вопросам религиозно–просветительским, хозяйственно–распорядительным и юридическим. Задача этих отделов и совещаний заключалась в том, чтобы на пленарные заседания Совета поступали какие–то обработанные, подготовленные, обоснованные проекты решений, а уже на пленарном заседании должно происходить принятие этих окончательных постановлений по тем или иным проектам решений. После того, как тот или иной проект постановлений, представленный отделом, обсуждается на пленарном заседании, происходит голосование после внесения каких–то поправок, и в случае, если это решение принимается большинством голосов, вопрос снимается с обсуждения его на пленарном заседании, но не считается соборно принятым. Принятое большинством голосов решение пленарного заседания переходит на совещание епископов, которое вновь его обсуждает.
После того, как голосами всех членов Собора принимается то или иное решение, оно обсуждается отдельно епископами. И только в случае принятия его уже епископами оно приобретает силу соборного постановления. Соборное и иерархическое начало сбалансированы очень хорошо. Сами по себе епископы не могут принимать решение, но и члены Собора тоже. Епископы участвуют, естественно, в пленарных заседаниях, но потом уже отдельно обсуждают это решение сами. И одновременно Собор не мог игнорировать особое мнение епископов. Более того, если после двукратного обсуждения епископским совещанием то или иное соборно принятое на пленарном заседании решение отвергалось тремя четвертями епископов, оно вообще снималось с повестки дня. Следовало дать большую инициативу мирянам и рядовому духовенству и, вместе с тем, не допускать этой инициативе отодвинуть на второй план епископскую иерархию, ее права. Когда Собор начал свою работу, его почетным председателем стал митрополит Киевский Владимир (Богоявленский), а председателем — митрополит Московский Тихон (Беллавин). В Соборный Совет в качестве товарищей председателя вошли два архиерея: архиепископ Новгородский Арсений (Стадницкий), архиепископ Харьковский Антоний (Храповицкий); протопресвитеры Любимов и Шавельский от белого духовенства и миряне: кн. Евгений Николаевич Трубецкой, известный философ и общественный деятель, и председатель Государственной Думы Михаил Владимирович Родзянко. Секретарем Соборного Совета стал Шеин, тогда мирянин, бывший член Государственной Думы, а впоследствии архимандрит Сергий, священномученик, погибший вместе с митрополитом Вениамином.