Ориген положил начало почти всем необходимым формам христианской мысли: религиозной философии, богословию, аскетике, мистике, проповеди, но прежде всего — неустанному изучению Библии: это он ввел в практику написание обширных библейских комментариев с детальными примечаниями, включил философию — в проповедь для народа… В его экзегетических трудах прежде всего обращает на себя внимание научный подход. Ориген обращается к раввинистической и иудео–христианской экзегезе, издает текст Ветхого Завета в виде шести столбцов (Гекзаплы): еврейский текст, его транскрипция греческими буквами, затем четыре древних греческих перевода, включая Септуагинту. Издание снабжено целой системой знаков, с помощью которых отмечаются места, отсутствующие в еврейском тексте, но имеющиеся в Септуагинте, и наоборот. Но весь этот труд держится на духовном динамизме; постижение Писания требует аскезы и созерцания. Писание включает в себя таинство Христа, дабы напитать им душу, оно раскрывает в этом таинстве, по мере продвижения вперед, все новые аспекты, новые имена Слова. Платонический соблазн внеисторической аллегории, никогда не покидавший Александрию после Филона, уравновешен драматургией спасения, таинством креста как победы над демоническими силами. Обыкновенно Ориген различает в Писании три смысла: «буквальный» смысл соответствует телу; «нравственный» — душе; «духовный» — духу. При этом нравственный смысл зачастую оказывается шире этической области он выводится из мистического смысла и выражает жизнь Божественного Слова в душе.
Одновременно с этим Ориген набрасывает в трактате О началах контуры обширного философско–богословского синтеза. Напомнив общепринятые основные положения, он в серии поясняющих гипотез пускается в опасное приключение, пытаясь понять веру разумом. Духи, сотворенные равными и прозрачными — своего рода коллективный Адам — удалились от Бога и друг от друга пресыщенностью и желанием испытать свою свободу. Это «охлаждение» душ привело к появлению материальности как следствия, а не причины грехопадения. В системе, множество элементов которой чужды библейскому Откровению, это космическое понимание свободы оказывается глубоко христианским. Через посредство второго творения Бог стабилизировал появившиеся таким образом миры, представляющие для человека чувственный космос. В этом космосе Воплощение вновь открывает облекшимся в тела душам путь к освобождению. За исключением святых (которые, впрочем, как и Сам Христос, ожидают и приготовляют конечное воссоединение), все души проходят после смерти через множество «эонов» — состояний универсума, в которых отражаются соответствующие духовные состояния. В каждой душе живет жажда абсолюта, удовлетворить которую может лишь Бог. Постепенно все твари, осознавая масштабы зла и испытывая фундаментальную неудовлетворенность, обратятся к Богу и вновь обретут — но теперь уже сознательно — изначальную полноту. Это и будет