Как член медицинского совета при министерстве внутренних дел, на которое в то время возлагались и заботы о научной организации медицинского обеспечения населения, Балинский много сил отдавал организации психиатрической службы в России. По его инциативе для оказания помощи душевным больным стали создаваться огромные по тем временам (до 1000 коек) окружные психиатрические лечебницы, в каждую из которых госпитализировались больные, проживающие на территории определенного учебного округа, включавшего в себя несколько губерний.
В 1870 году Балинский добился организации при психиатрической клинике Медико-хирургической академии отделения на 20 коек для больных-«пансионеров». На эти койки обычно помещали больных душевными болезнями в ранней стадии из числа гражданских лиц. За их лечение с родственников клиника получала значительную плату: от 35 до 70 рублей в месяц. Вырученные таким образом деньги давали возможность содержать работавшего в этом отделении врача, дополнительный вспомогательный персонал и, кроме того, несколько повысить затраты на питание и лечение всех прочих больных, находившихся в клинике. На должность ординатора для ведения больных-«пансионеров» был приглашен выпускник Киевского университета И. А. Сикорский, проходивший в то время усовершенствование по психиатрии под руководством Мержеевского. Этот энергичный, работавший с увлечением молодой врач в 1873 году лечил и студента-первокурсника Володю Бехтерева.
По воспоминаниям современников, Балинский блистательно читал лекции для врачей и студентов. Интересными и весьма поучительными были и проводимые им клинические разборы больных. Речь его отличалась образностью, изяществом, ясностью суждений и логикой. Балинский всегда охотно делился со своими учениками собственным богатым врачебным опытом и глубокими знаниями научной литературы. К сожалению, он не оставил научных трудов. Балинский не писал их, считая, что для этого ещё не настало время, так как психиатрия находится лишь в стадии становления и не накопила достаточного количества бесспорных фактов, необходимых для научных обобщений.
Тяжелое хроническое заболевание побудило Балинского уйти в отставку в возрасте 49 лет. Возможно, к этому шагу его приблизил и трагический случай: после выписки из клиники застрелился пациент, который, по мнению Балинского, был излечен.
Во главе кафедры и клиники душевных болезней после отставки Балинского оказался один из его ближайших учеников — приват-доцент И. П. Мержеевский, которого через год Конференция академии официально избрала на должность заведующего кафедрой и присвоила ему профессорское звание. Мержеевский, как и Балинский, происходил из польских дворян. В 1861 году он окончил Медико-хирургическую академию и был оставлен при ней для совершенствования знаний. Психиатрию он изучал главным образом под руководством Балинского. В период же заграничной командировки Мержеевский проходил стажировку в возглавляемом Жаном Шарко неврологическом отделении Парижского университета и под его влиянием увлекся невропатологией. Тогда уже Мержеевский на многочисленных клинических примерах утвердился во мнении о том, что психические функции определяются деятельностью мозга и могут быть в той или иной степени нарушены при различных его заболеваниях и травматических поражениях. Это определило его материалистический подход к проблеме о сущности психической деятельности в норме и в условиях ее патологии. Такой взгляд на зависимость психики от работы мозга не был тогда чем-то само собой разумеющимся, так как даже среди врачей преобладало идеалистическое представление о независимости идеальной души от материального тела, определившее в какой-то степени в дальнейшем выделение невропатологии и психиатрии в самостоятельные клинические дисциплины. При этом основой для понимания происхождения неврологической патологии служили морфологические изменения в нервной системе, объяснять же различные формы психопатологии длительное время пытались на основании представлений о расстройстве психологических процессов, зависящих от состояния нематериальной души.