Однако работа у Коля не ладилась. Желчный и капризный человек, он постоянно претендовал на какое-то особое положение, был одержим гипертрофированной манией величия, вздорил с людьми (отголоски этого проглядывают в опубликованных томах "Международной переписки Вавилова", см. /13/), утверждал, что был в числе "трех инициаторов создания Института прикладной ботаники и новых культур и одним из инициаторов создания Всесоюзной Академии С.-Х.Наук имени Ленина" (14), что было далеко от истины, а к повседневным обязанностям относился с прохладцей. Ему ничего не стоило словесно обидеть любого сотрудника, высокомерно выступить с критикой в адрес коллег и даже прикрывать инертность в работе и неумение руководить людьми жалобами на то, несправедливые к нему придирки как к человеку, склонному к критике и самокритике.
В конце 1929 года в институте была создана Комиссия по обследованию работы Бюро интродукции из пяти ученых (Е.Н.Синская, П.Н.Чумак, В.Л.Васильев, А.П.Иванов и Л.И.Говоров) (15). Комиссия пришла к неутешительным выводам относительно руководства Колем всем Бюро и рекомендовала Научной Коллегии ВИПБиНК освободить его от должности, найти на нее нового человека, а Коля сохранить в институте, создав "секцию новых культур, возглавляемую А.К.Коль, при Бюро интродукции" (16). Доклад Комиссии был заслушан на заседании Научной Коллегии института 16 ноября 1929 г. Некоторые из сотрудников Бюро интродукции подтвердили невозможность работы с Колем. Многие из тех, кто не выступил на данном заседании, подали заявления об уходе, мотивируя причины ухода по-разному, но при разговорах в своей среде указывая на одну: несносный характер Коля. Каков у него характер, Коль показал и на этом заседании. Ни с одним пунктом критики он не согласился, и как сказано в протоколе заседания:
"...протестует против решения Комиссии, считая его неправильным, и указывает, что вопрос о его смещении поднят некоторыми из сотрудников, ранее работавших в Бюро, которые неправильно освещают факты" (17).
Такое выступление подлило масла в огонь и подхлестнуло еще нескольких человек на то, чтобы выступить с критикой заведующего. Заседание это было одним из самых многолюдных за всю предшествовавшую историю института: в протоколе указаны фамилии пришедших на собрание 49 ведущих ученых института и сказано, что присутствовали и другие сотрудники (Вавилов в заседании не участвовал, в числе присутствовавших указана жена Коля -- Виноградова-Коль). Собрание подавляющим большинством голосов приняло предложения Комиссии по проверке Бюро интродукции (лишь трое голосовали против). Коль заявил, что он "не согласен с мнением Научной Коллегии и просит присоединить к протоколу особое мнение" (18).