Для расследования и поддержания обвинения был образован Комитет из главных обвинителей: от Великобритании — Х. Шоукросс, от СССР — Р. А. Руденко, от США — Роберт Х. Джексон, от Франции — Ф. де Ментон, а затем Ш. де Риб.
Главный обвинитель от США Р. Джексон во время процесса заявил следующее:[1]
"Будучи военным трибуналом, настоящий трибунал является продолжением военных действий стран-союзников. Будучи международным трибуналом, он не ограничен процессуальными и материально-правовыми тонкостями наших соответствующих судебных или конституционных систем".
Нюрнбергский процесс проходил с различными эксцессами. Многие источники описывают следующее: всевозможные угрозы и психологические пытки, длительные допросы и конфискацию всего личного имущества как подсудимых, так и свидетелей, которых заставляли выступать на суде; различные тактики запугивания и устрашения (аресты, процессуальное преследование и другие методы давления, применявшиеся против свидетелей защиты); искажённые письменные показания и документы, неправильный синхронный перевод; произвольно отклоняемые ходатайства по предоставлению улик, конфискацию документов, отказы предоставлять защите доступ к документам, систематичные преграды, чинимые обвинением защите (например, поездки за границу для получения доказательств или для доставки свидетелей защиты не представлялись возможными); корреспонденция подвергалась цензуре на почте; в суде выступали бывшие узники концлагерей, получившие сроки за тяжкие уголовные преступления; приговоры выносились вопреки доказательной базе, а их обоснование было "уникальным по своему примитивизму"[2].
Обвиняющая сторона, очевидно, знала кого выбирать на административные посты военного трибунала, и потому там оказалось много "американцев" еврейского происхождения, чьи иммиграционные документы были очень недавними и кто, либо своими действиями по службе, либо через их действия как переводчиков, создали атмосферу враждебную к обвиняемым.
Методы дознания, применявшиеся на Нюрнбергских процессах, не выдерживают никакой критики: подсудимым отказывалось в медицинском уходе, несмотря на изоляцию, голод, холод и увечья, полученные в результате дурного обращения. Адвокаты защиты и те могли быть арестованы, если они настаивали на законном праве на надлежащее судопроизводство; это произошло, к примеру, с адвокатом фон Нейрата, а также с одним из адвокатов на процессе Круппа. Ашенауэр видит близкую параллель между "концлагерными" процессами, проведёнными американцами в Дахау, и процессом Главного административно-хозяйственного управления СС, проведённым в Нюрнберге, — в том, что касается обвинительных показаний бывших узников, поскольку это были одни и те же люди: профессиональные свидетели.