Дальнейшая его биография воплощается в событиях масштаба государственного — с апреля 1906 года он министр внутренних дел, а вскоре и председатель Совета министров Российской империи.
Он был блестящим оратором — четким, динамичным, эмоциональным, афористичным. Свое выступление на открытии Государственной думы второго созыва в марте 1907 года он завершил следующим пассажем: «Я скажу, что правительство будет приветствовать всякое открытое разоблачение какого-либо неустройства, каких-либо злоупотреблений. В тех странах, где еще не выработано определенных правовых норм, центр тяжести, центр власти лежит не в установлениях, а в людях. Людям, господа, свойственно и ошибаться, и увлекаться, и злоупотреблять властью. Пусть эти злоупотребления будут разоблачаемы, пусть они будут судимы и осуждаемы, но иначе должно правительство относиться к нападкам, ведущим к созданию настроения, в атмосфере которого должно готовиться открытое выступление. Эти нападки рассчитаны на то, чтобы вызвать у правительства, у власти паралич и воли, и мысли, все они сводятся к двум словам, обращенным к власти: „Руки вверх!“. На эти два слова, господа, правительство с полным спокойствием, с сознанием своей правоты может ответить только двумя словами: „Не запугаете!“».
В этой сорокаминутной речи, произнесенной с трибуны Таврического дворца, где собиралась Дума, в тот момент более чем на сорок процентов состоящая из враждебных правительству оппозиционных партий левого блока — эсеров, трудовиков, социал-демократов, он обнародовал свой пакет реформ, призванных перевести Российскую империю в новую эру.
Эти реформы включали в себя преобразования в деревне, предусматривающие трансформацию крестьян из общинников, связанных круговой порукой, в собственников земли, передовых современных хозяев, по сути своего менталитета противодействующих всякому революционному брожению. Речь шла также об усовершенствовании системы образования с постепенным введением его обязательности, создании социального страхования и социального обеспечения городских рабочих, административной реформе, включающей в себя выборность местных властей, судов, полиции, реформе налогообложения, уравнении в правах старообрядцев и расширении прав евреев.
«Двадцать лет покоя — внутреннего и внешнего, — восклицал реформатор, — и вы не узнаете нынешней России!». Это говорилось ровно за десять лет до февральской революции, и самому Столыпину было отпущено из этих десяти лет четыре с половиной года до того рокового выстрела в киевском театре, который оборвал его жизнь.