После первых дней кампании было принято решение, неизбежность которого все понимали давно. Британские лодки получили разрешение топить вражеские торговые суда без предупреждения. Многим это было неприятно, но Адмиралтейство было вынуждено пойти на такую меру, потому что жестокий характер тотальной войны не допускал иных возможностей. Немцы в Атлантике с самых первых дней начали неограниченную подводную войну. Хотя у командиров британских лодок подобные действия вызывали отвращение, они понимали, что подводные лодки могли действовать только таким способом. Немцы начали тотальную войну, чтобы добиться быстрой победы, но теперь зачинщик на себе испытал все ужасы своей затеи.
Но пока что усилия подводных лодок в Скагерраке были сосредоточены на войсковых транспортах и военных кораблях, которые являлись совершенно законными целями. Их можно было атаковать, не приказывая останавливаться. Ночью 11 апреля «Спиэрфиш», которая снова вышла в море после своих приключений в Каттегате, на сей раз под командованием капитан-лейтенанта Дж. Г. Форбса, атаковала военный корабль, еле заметный в темноте. Прошло несколько недель, прежде чем удалось опознать цель. Во время этой атаки был тяжело поврежден карманный линкор «Лютцов».
После этого немецкие корабли отваживались следовать в этом районе только в темное время суток и на большой скорости. 20 июня подводная лодка «Клайд» капитан-лейтенанта Д. К. Ингрэма в условиях плохой видимости и при сильном волнении заметила большой корабль. Одна из выпущенных торпед попала в носовую часть линейного крейсера «Гнейзенау», следовавшего на большой скорости недалеко от побережья Норвегии. Это была блестящая атака, поскольку в подобных условиях на нее мог решиться только по-настоящему отважный командир. «Гнейзенау» вышел из строя на несколько недель.
Сам «Клайд» еле спасся. Из-за сильного волнения лодке пришлось принять 8 тонн балласта, чтобы не выскочить на поверхность после выпуска торпед. Как только был дан залп, лодка начала погружаться и провалилась на глубину 250 футов. Командира «Клайда» беспокоили не глубинные бомбы, а давление воды. Корма «Клайда» оказалась на 50 футов ниже носовой части, а лодки этого класса имели плоские обводы кормы, что позволяло развивать большую скорость в надводном положении. Но корпус такой формы плохо противостоял давлению воды. Стальной пиллерс толщиной 4 дюйма, поддерживающий палубу, уже начал гнуться, когда «Клайд» всплыл на безопасную глубину.
Апрель, май и июнь 1940 года были полны приключений для подводных лодок, действующих у берегов Норвегии. Рапорты командиров лодок, только что вернувшихся из похода, читались, как увлекательный роман. Однако часть лодок не вернулась, и никто так и не узнал, что с ними случилось. Среди погибших оказался «Сэмон», на котором в декабре 1939 года Бикфорд атаковал германскую эскадру. У берегов Норвегии закончили свой путь лодки «Фистл» и «Тарпон», «Стерлет» и «Шарк». Они стали жертвами немецких мин и глубинных бомб, однако и погибшие лодки, и их более удачливые сестры оказали огромное влияние на ход кампании. Уже через неделю после начала операции германские корабли отваживались следовать только в составе конвоев, что вызывало серьезные задержки и изматывало эскортные силы. Именно активность подводных лодок вынудила противника прибегнуть к такой мере.