Немцы ничего не могли сделать с этим противником. Они поставили тысячи мин, организовали множество патрульных групп, перебросили на Балтику из Атлантики несколько своих подводных лодок. Но единственной их жертвой стала Е-18 капитан-лейтенанта Халахана. Эта лодка вышла в море в мае 1916 года и пропала без вести.
К концу 1916 года действия на Балтике стали гораздо более трудными. Причиной были не только контрмеры немцев, но, главным образом, революционная пропаганда, совершенно разложившая русский флот. Сотрудничество с русскими, которое началось в октябре 1914 года с прибытием Е-8 и Е-9, подошло к концу. Британские лодки столкнулись с все возрастающими трудностями. Им приходилось обходиться собственными ресурсами, так как русский флот все меньше и меньше желал участвовать в войне.
В декабре 1917 года было подписано сепаратное соглашение между Россией и Германией. Одним из его пунктов была сдача британских лодок немцам. Но Кроми, который в это время командовал флотилией, наотрез отказался его выполнять. Еще 3 месяца флотилия продолжала действовать, базируясь на Гельсингфорс. Но хаос революции сделал дальнейшие операции невозможными. Вдобавок немецкие войска продолжали наступление и угрожали захватить и эту базу. В начале апреля 1918 года немцы высадились в Гангэ, всего в 100 верстах от Гельсингфорса. В течение последующих 3 дней британские лодки с помощью русского ледокола в последний раз вышли в море. Когда лодки вышли на глубокое место, экипажи разместили на них подрывные заряды и покинули свои корабли. Русский буксир отошел подальше, чтобы проследить за последним актом драмы. Часовые механизмы сработали, и несколько взрывов разворотили корпуса лодок. Через несколько минут все кончилось. Е-1, Е-8, Е-9, Е-19, С-26, С-27 и С-35, которые принесли британскому подводному флоту бессмертную славу, отправились в последнее погружение.
Даже сейчас очень сложно определить истинный размер их успеха. Если действия британских лодок в Мраморном море во время боев за Галлиполи серьезно повлияли на ход кампании, то Балтийская флотилия оказала влияние на исход войны в целом. Подводные лодки установили морскую блокаду Германии на этом театре. А именно блокада в конечном итоге поставила Германию на колени.
Эти операции проводились с иностранной базы. Они показали, что подводные лодки постепенно приобретают стратегическое значение. Ни один другой корабль не мог проникнуть на Балтику. Русский флот воздерживался от активных действий по пресечению перевозок железной руды. Только подводные лодки сумели организовать блокаду во вражеских водах. Как показали послевоенные события, стратегическое значение подводных лодок не было оценено специалистами в полной мере.