В тылу у Деникина, на юге России, только под непосредственным руководством Зафронтового бюро ЦК КП(б) Украины к ноябрю 1919 г. действовало свыше 35 тысяч партизан. Действия их активизировались настолько, что главком юга России Деникин вынужден был снять с фронта и бросить на Донбасс, Днепропетровск, Херсон отборные части Шкуро и Слащева.
В Крыму против Врангеля действовало свыше 5000 партизан. Для руководства ими Зафронтовое бюро ЦК послало из Новороссийска морской десант во главе с И.Паланиным, Вс.Вишневским и И.Мокроусовым. Высадившись в тылу у Врангеля, они возглавили партизанскую армию, организовав ее взаимодействие с войсками Красной Армии, наступавшими через Перекоп и Сиваш.
Против интервентов (американцев, англичан, французов) на Северном Кавказе и в Закавказье действовало свыше 50 тысяч партизан. В Архангельской губернии – до 20 тысяч.
Партизанские действия в ходе Гражданской войны осуществлялись в стратегическом, оперативном, а иногда и в тактическом взаимодействии со своими регулярными войсками на фронтах. Причем, как показал опыт, именно партизанская тактика и стратегия обеспечили победу Красной Армии над противником, многократно превосходившим ее в силах и средствах.
Именно партизанские действия в ходе Гражданской войны выдвинули сотни талантливых народных полководцев, впоследствии репрессированных Сталиным.
По схожему сценарию развивалась борьба с басмачеством, выросшая из локального противоборства советских и контрреволюционных сил, стремившихся привлечь на свою сторону местное население. Большое влияние на развитие конфликта оказал этнический фактор, а также вмешательство в него иностранных государств.
Размах партизанского движения в годы Гражданской войны и иностранной интервенции, антисоветского повстанчества и борьбы с ним был настолько грандиозен, что не мог не обратить на себя внимания при определении концепции военного строительства в мирное время. По этому поводу М.В.Фрунзе еще в 1921 г. писал: «...Средство борьбы с техническими преимуществами армий противника мы видим в подготовке ведения партизанской войны на территориях возможных театров военных действий. Если государство уделит этому достаточно серьезное внимание, если подготовка этой «малой войны» будет производиться систематически и планомерно, то и этим путем можно создать для армий противника такую обстановку, в которой при всех своих преимуществах они окажутся бессильными перед сравнительно плохо вооруженным, но полным инициативы, смелым и решительным противником...» Организационной формой реализации этой концепции стало создание смешанной военной системы с доминирующей ориентацией на перевод на территориально-милиционную систему.