Транспортер ПТС-М по просьбе некоторых заказчиков дооборудовался установкой гидроманипулятора для подъема со дна рек и озер затонувшей во время молевого сплава древесины. На дне рек севера-запада и северо-востока России лежит огромное количество затонувшей древесины, которая, с одной стороны, ухудшает экологию рек, а с другой стороны, является при разумном ее использовании хорошей сырьевой базой для различны х технологических процессов. Некоторое количество плавающих транспортеров с установленными в их корпусах гидроманипуляторами успешно работали, поднимая утонувшую древесину со дна рек северо-запада страны.
Опыт эксплуатации в войсках ПТС- 2 в течение более 15 лет подтвердил рациональность и эффективность конструкции этого типа машин. Но вместе с тем выявились потребности улучшения некоторых параметров этого типа переправочно-десантного средства, в основном скорости движения на воде и грузоподъемности. Работы по созданию новой усовершенствованной модели ПТС-3 (рис. 13) проводились на заводе «Лугансктепловоз» под руководством главного конструктора Л.И.Позднякова. Эти работы привели к увеличению грузоподъемности на воде до 16 т, увеличению скорости движения транспортера с полной нагрузкой на воде до 15 км/ч, улучшению бронирования кабины управления, изменению конструкции движительно-рулевого комплекса и другим усовершенствованиям отдельных узлов и агрегатов.
Базовыми стали агрегаты транспортера ПТС-2 при сохранении его общей схемы компоновки и моторной установки. Была несколько увеличена площадь грузовой платформы до 24 м² (8285 х 2890 мм).
Собственная масса машины возросла до 25,8 т. Грузоподъемность на суше осталась такой же, как у ПТС-2. При мощности дизельного двигателя 522,5 кВт удельная мощность стала равной на суше 13,8 кВт/т, а на воде – 12,50 кВт/т.
Несмотря на некоторое уменьшение удельной мощности на воде по сравнению с транспортером ПТС-2, максимальная скорость движения по воде была существенно увеличена. Это было достигнуто за счет отказа от использования гребных винтов в туннелях и установки двух гребных винтов диаметром 750 мм в направляющих насадках за кормовой частью корпуса. Для обеспечения управляемости на воде за каждым гребным винтом установлены сдвоенные водяные рули. При движении по суше гребные винты в насадках с помощью гидропривода поднимаются в верхнее транспортное положение к заднему откидному борту. При этом опускание и подъем заднего откидного борта для погрузочно-разгрузочных работ производится совместно с движительно-рулевым комплексом с помощью гидросистемы.