Внутренний порядок в жизни обители также требовал неусыпного внимания отца настоятеля. Было восстановлено уставное церковное богослужение, хоровое пение, благочиние во внешнем поведении монахов, которых ко времени приезда нового настоятеля было всего 13 человек. Все это пришлось архимандриту Игнатию взять на свои плечи и как администратору, и как руководителю духовной жизни. В его внешних трудах большой опорой для него был его друг, инок Михаил Чихачев.
Будущему епископу Игнатию было известно состояние монастырей. «Ослабела жизнь иноческая...» — пишет Святитель в строках своего «Плача». Мир, по слову его, «не может требовать от монастырей сильных иноков, подобных древним... <...> Но еще монастыри, как учреждение Святаго Духа, испускают лучи света на христианство... еще там... обретаются живые скрижали Святаго Духа»[42].
Сергиева пустынь и для внешнего, и для внутреннего делания архимандрита Игнатия была очень тяжела, но сам же он исповедал, что для того, «чтоб окрепли и возмужали в иноке евангельские свойства, нужны непременно скорби и искушения»[43]. Все это он усвоил из учения святых Отцов и наиболее говорил о «чудной системе», которую особенно основательно излагал преподобный Варсонофий Великий, говоривший, что инок, находясь в скорбях, в нуждах и утеснениях, болезнях и трудах — за все должен благодарить Господа.
О своем житии в Сергиевой пустыни сам Святитель пишет много и откровенно. «Негостеприимно приняла меня обитель — Сергиева пустыня,— изъясняет он плач души своей.— В первый же год по прибытии в нее, я поражен был тяжкою болезнию, на другой год другою, на третий третиею... ...здесь я увидел врагов, дышущих жаждою погибели моей; здесь милосердый Господь сподобил меня познать невыразимые словом радость и мир души; здесь сподобил Он меня вкусить духовную любовь и сладость в то время, как я встречал врага моего, искавшего головы моей,— и соделалось лице этого врага в глазах моих, как бы лицем светлого Ангела»[44].
Управление архимандритом Игнатием Сергиевой обителью было так осязаемо, что уже в 1836 году она стала монастырем первого класса, и к 1837 году число братии достигло 42-х человек. В 1838 году архимандрит Игнатий был назначен благочинным всех монастырей Санкт-Петербургской епархии, что усложнило его и так перегруженную заботами жизнь: к его трудам по руководству пустынью должны были присоединиться и выезды в отдаленные обители.
Период жизни архимандрита Игнатия в Троице-Сергиевой пустыни и управления ею был длительным: он прожил здесь почти 24 года, получив только в 1847 году отпуск для поправления здоровья, который провел в Николо-Бабаевском монастыре Костромской епархии. Этот период был значителен прежде всего потому, что архимандрит Игнатий за это время смог воспитать согласно учению старцев плеяду духовно образованных монахов, ставших впоследствии настоятелями монастырей и таким образом привнесших в ветшающий монастырский дух веяние подлинной духовности, понятия о заветах истинного и нелицеприятного поиска Бога Живаго. Достойным венцом для архимандрита Игнатия было и внешнее восстановление обители, расположенной в виду столицы и потому часто посещаемой. И, конечно, одним из самых значительных и замечательных явлений этого периода было то, что именно в Сергиевой пустыни, где ее настоятелю пришлось пережить неисчислимые и невыразимые словом трудности, горести и напасти наряду с утешениями Святаго Духа Божия, развилось, окрепло и стало значительным и весомым его духовное творчество.