Глеб Иванович общался с некоторыми членами масонских лож. В их числе — адвокат Зарудный, защищавший его на процессе «44-х», доктор медицины Манухин, который лечил его от туберкулеза легких.
Со слов упоминавшегося выше Барченко к членам масонской ложи в Ленинграде принадлежал академик Ольденбург.
Сергей Федорович Ольденбург (1863–1934), крупный ученый-востоковед, с 1902 года академик, в июле-сентябре 1917 года — министр народного просвещения во Временном правительстве.
H.H. Берберова в книге «Люди и ложи» назвала Ольденбурга в числе других русских масонов XX столетия со ссылкой на М. Горького. Ольденбург был членом ЦК партии кадетов, в 1904–1929 годах — бессменный секретарь Академии наук. С 1930 года директор Института востоковедения. В 1919 году, когда обстановка в Петрограде обострилась в связи с мятежом на форте Красная Горка и наступлением генерала Юденича, начались аресты «бывших людей» и представителей различных политических организаций. Ольденбург был задержан 1 сентября по делу кадетов, но освобожден 19 сентября «за непричастность к задержанным в засаде 16–17 августа» с подпиской о явке в ЧК по первому требованию. Ольденбург умер в 1934 году в Ленинграде своей смертью. Соприкасался и был ли знаком Бокий с Ольденбургом, на этот счет точных сведений не имеется.
Бесспорно, Бокий как член Коллегии ВЧК-ОГПУ, но не как начальник Спецотдела, при принятии решений по уголовным делам на Коллегии мог иметь дело и с масонами. В частности, об этом свидетельствует такой факт. В сентябре 1930 года в Москве были арестованы члены так называемого «анархо-мистического «Ордена Света»», который ставил своей целью «борьбу с советской властью как властью Нальдобаофа (одного из воплощений сатаны) и установление анархического строя». Следует добавить, что параллельно с «Орденом Света» существовал еще один орден — «Храм искусства», созданный «с целью внедрения в советские артистические круги своей идеологии в противовес линии марксизма». Члены данных анархо-мистических организаций (орденов) были приговорены к различным срокам содержания в исправительно-трудовых лагерях. Приговор выносила Коллегия ОГПУ в составе С.А. Мессинга и Г.И. Бокия в отсутствие прокурора.
Итак, по тем делам на масонские ложи, которые пересмотрены, Бокий как соучастник не проходит, а те, кто в открытых публикациях утверждают, что он был масоном, документально этого не подтверждают.
В заключение необходимо отметить, что к началу Великой Отечественной войны масонство в СССР было ликвидировано. Но это ни в коем случае не означало, что подпольного масонства не могло существовать.