К декабрю 1922 года Спецотдел ГПУ состоял из трех отделений, начальниками которых были Николай Яковлевич Клименков, Григорий Карлович Крамфус и Владимир Дмитриевич Цибизов. К декабрю 1929 года помощниками Бокия были Гусев (он же начальник 4-дешифровального отделения) и Эйхманс (он же начальник 3-го шифровального отделения); 1-е (соблюдение режима секретности), 2-е (перехват шифров) и 5-е отделения возглавляли соответственно В.М. Колосов, Ф.Г. Тихомиров, В.Д. Цибизов, лабораторией заведовал Е.Е. Гоппиус, техническим отделением — А. Чурган, фотографией — П.А. Алексеев.
В более поздний период, по данным историка А.А. Андреева, «Леонов возглавлял 1-ое отделение Спецотдела, занимавшееся охраной гос. тайны и исполнением режима секретности; Филиппов руководил управлением северных исправительных лагерей; А.Г. Гусев заведовал 4-ым отделением Спецотдела, занимавшимся дешифровальной работой; В. Цыбизов работал во 2-ом отделении и одновременно возглавлял 8-е криптографическое отделение штаба РККА». Некоторые сотрудники Спецотдела также работали одновременно в наркомате обороны, занимаясь работой, сходной по тематике (П. Харкевич, А. Каган-Катунал и др.).
В Спецотделе под руководством Бокия работали к 1934 году 100 человек, среди них Сергей Григорьевич Андреев, Александр Алексеевич Бакланов, Цыден Болданович Болдано (из крестьян-батраков, окончил Коммунистический университет трудящихся Востока им. Сталина, член партии с 1925 года, в ОГПУ с 1925-го), Иван Михайлович Боченков, Владимир Петрович Будников, Вилис Кришевич Вайвер, Яков Матвеевич Валицкий, Александр Станиславович Войтыга, Евгений Евгеньевич Гоппиус, Александр Георгиевич Гусев, Хасан Мамедович Джавад, Абуль Касим Зарре, Харитон Иванович Иванов, Александр Соломонович Иоселевич (соратник Бокия по Петроградской ЧК в 1918 году, расстрелян в 1937), Александр Вениаминович Каган-Катунал, Илья Шршевич Калтград (умер в 1937 году, похоронен на Новодевичьем кладбище), Георгий Сергеевич Кильдешов, Николай Яковлевич Клименков, Григорий Карлович Крамфус, Сергей Алексеевич Куликов, Василий Михайлович Малых, Василий Михайлович Михеев, Павел Адамович Мянник, Алексей Дмитриевич Пак (кореец, из крестьян, член партии с 1924 года, служил в царской армии, в 1918–1919 годах по мобилизации в колчаковской армии, с 1920 года в РККА, незаконченное высшее военное образование, в ОГПУ с 1926-го), Анна Максимовна Петрова, Леонид Александрович Сизов, Иван Петрович Скоробогач, Федор Григорьевич Тихомиров, Павел Хрисанфович Харкевич, Риза Алимович Хильми, Владимир Дмитриевич Цибизов, Антон Дмитриевич Чурган, Владимир Сергеевич Шинкевич, Лидия Николаевна Шишелова, Федор Иванович Эйхманс, Берта Юрьевна Янсон.