Главной своей заслугой Яков считает развитие угледобывающей промышленности на юге империи. По его словам, до 1870 г. угольные месторождения Донецкого кряжа практически не разрабатывались. Добыча составляла всего несколько миллионов пудов в год. Таким образом, уголь приходилось закупать в Англии, поскольку себестоимость российского была слишком высока для отечественного пароходства. Поляков же в своем имении в Краснополье создал оборудованные по последнему слову техники угольные шахты.
Как и Самуил, Яков понимал, что залог успеха любого дела – в хороших специалистах. Поэтому он отправлял своих инженеров учиться за границу за свой счет. По словам Полякова, «пароходы отапливаются теперь исключительно донецким углем и антрацитом вместо английского угля». Каким бы самовосхвалением ни звучали эти слова, Яков действительно внес огромный вклад в развитие угольной промышленности юга России. Как и в Азовское каботажное пароходство, которое он перевел с парусного на паровой метод разгрузки, чем удешевил стоимость доставки товаров и сократил сроки их доставки почти в четыре раза.
Историк Борис Ананьич отмечает, что Яков был, помимо прочего, талантливым сельскохозяйственным деятелем. «С 1874 г. Я. С. Поляков владел приморским имением Новомарийское в 12 верстах от Таганрога, где вел образцовое сельское хозяйство с паровыми молотилками, сеялками, жатвенными машинами, – пишет Ананьич. – Он выстроил элеватор для очистки хлеба и механическую мастерскую, действовавшую „силою ветряного привода“. Помимо прочего, Поляков одним из первых в России увеличил озимые посевы ржи и пшеницы, стараясь обезопасить свое хозяйство от неурожаев».
Однако главным занятием Якова было, конечно, банковское дело, которое принесло ему множество почестей… и финансовый крах в конце века. Поляков учредил Донской земельный, Петербургско-Азовский коммерческие банки, а также Азовско-Донской с отделениями во всех портах Азовского и Черного морей и на Кавказе. Так он описывал свои финансовые успехи все в том же ходатайстве. Однако все банковские операции были привязаны к Санкт-Петербургской бирже, поэтому довольно долго Поляков добивался разрешения открыть филиал если не в Петербурге, то хотя бы поближе к нему. Но Министерство финансов разрешения на открытие филиала не дало, советуя банкиру открыть новый банк, который бы выполнял посреднические функции между Азовско-Донским и его партнерами. Уже к концу XIX в. крупнейший банк юга России Азово-Донской имел 67 филиалов. В 1904 г. его правление все-таки переместилось в Петербург. Банк аккумулировал средства на развитие торговли и промышленности. Его отделения осуществляли перевод денег в городах, не имеющих отделений Госбанка. Надо сказать, что Яков владел также акциями южных железных дорог, но глубоко в это дело не погружался.