В начале 1907 года он чувствовал себя особенно скверно — испытывал частые приступы слабости и кашля, мерз, был угрюм и раздражителен. Окружающих тревожило, что длительное летнее лечение не дало, по сути, никакого результата, в то время как раньше для поправки здоровья хватало зимних Канн и летнего Боблова. Иногда Дмитрий Иванович будто бы покидал ведущиеся при нем разговоры — замолкал и только смотрел куда-то в сторону безучастным взглядом. Приехавшая на зимние праздники дочь Люба отметила на его лице «странную печать». Это ее очень расстроило, но вслух она ничего не сказала. Его письма были по-прежнему энергичны, но почерк выдавал, что писаны они дрожащей рукой. В конце лета, еще вполне бодро себя чувствуя, Менделеев стал разбираться в книгах и бумагах, а также «денежные дела привел в порядок, как к смерти». Но ведь он и раньше, бывало, затевал «подготовку» к смерти. И плохое самочувствие сопровождало его уже не первый год, однако его удивительная психика каждый раз приноравливалась к изменениям в организме, как-то компенсировала растущую потерю сил, поэтому окружавшие Менделеева родственники и сотрудники имели основания надеяться, что и на этот раз всё обойдется. Возможно, так бы и случилось, если бы не один, в общем-то, обычный эпизод палатской жизни.
Одиннадцатого января Главную палату мер и весов посетил министр нового Министерства промышленности и торговли Д. А. Философов. После отставки в 1903 году С. Ю. Витте и В. И. Ковалевского уровень взаимопонимания между управляющим Палатой и начальством резко изменился. Его, конечно, продолжали ценить и даже побаивались, но меняющиеся друг за другом начальники чаще всего просто его не понимали. И он тоже их не жаловал, наделяя тотчас приобретавшими известность характеристиками: В. И. Тимирязев — «этот всё обещает — хитрая лисица», В. Н. Коковцов — «ох, не люблю аристократов». Был еще Э. Д. Плеске, но этот усидел на посту такое малое время, что даже не успел заработать от Дмитрия Ивановича соответствующий ярлык. Счастливым исключением в этом ряду был сподвижник Витте М. М. Федоров, который обожал Дмитрия Ивановича и которого Менделеев очень любил; но он тоже пробыл на посту недолго — сам, по внутреннему убеждению, ушел в отставку. Д. А. Философов также относился к Менделееву с глубоким почтением. Когда управляющий Палатой ходил представляться новому министру, случилось непредвиденное происшествие, сломавшее всю церемонию. Философов сам поспешил ему навстречу со словами: «Позвольте вам, Дмитрий Иванович, представиться — ваш ученик…» Стало быть, никакой угрозы делу и положению Менделеева этот визит не представлял, но он ничего не мог с собой поделать, поскольку всякое посещение Палаты высокими особами заставляло его нервничать и даже суетиться. После визита Философов буквально умолял Менделеева не провожать его дальше крыльца, но Дмитрий Иванович, увы, не послушался ни гостя, ни сотрудников.