26 октября — переехал с семьей в новую квартиру в доме для служащих Главной палаты мер и весов.
1898, 11 мая — составил совместно с С. О. Макаровым докладную записку министру финансов С. Ю. Витте «Об исследовании Северного Полярного океана во время пробного плавания ледокола «Ермак»».
9 июня — опубликовал «Опытное исследование колебания весов».
19 декабря — смерть сына Владимира.
1899, середина апреля — подал прошение об увольнении из состава предстоящей полярной экспедиции из-за разногласий с С. О. Макаровым.
Май — начало заседаний комиссии по реформе русского календаря.
4 июня — Николай II утвердил разработанные Менделеевым «Положение о мерах и весах» и новый штат Главной палаты мер и весов.
8 июня — выезд в командировку на Урал для исследования состояния горнозаводской промышленности.
30 июня — 6 июля — посетил Тобольск.
17 июля — резкое ухудшение состояния здоровья.
19 июля — возвратился в Боблово.
27 октября — завершил книгу «Уральская железная промышленность».
4 декабря — С. Ю. Витте обратился к президенту Академии наук великому князю Константину Константиновичу с предложением избрать Менделеева академиком, на которое получен отказ.
1900, 12 февраля — купил участок земли в Петербурге на Пушкарской улице для строительства двух доходных домов.
30 апреля — посетил Всемирную Парижскую выставку в качестве представителя Министерства финансов. Лето — смерть внука Дмитрия.
Сентябрь — открытие Петербургской поверочной палатки при Русском техническом обществе.
Работа над книгой «Учение о промышленности».
1901, май — составил план и смету строительства дома Главной палаты мер и весов («Дом с башней»).
12 июня — окончил описание личной библиотеки.
Сентябрь — опубликовал «Заметки о народном просвещении России».
Ноябрь — декабрь — работал над проектами новых ледоколов.
1902, январь — безуспешно пытался добиться разрешения на собственную полярную экспедицию.
Апрель — посетил парижскую лабораторию А. Беккереля, составил по просьбе С. Ю. Витте записку «О нуждах русского сельского хозяйства».
Октябрь — завершил статью «Попытка химического понимания мирового эфира».
1 декабря — торжественное открытие нового здания Главной палаты мер и весов.
1903, конец июня — июль — поездка по Волге с детьми Василием, Марией и Иваном.
17 августа — венчание Любови Менделеевой с Александром Блоком.
Конец августа — участвовал в проводах в отставку С. Ю. Витте.
27 ноября — предварительная операция по удалению катаракты.
21 декабря — начало опытов с радием в Главной палате мер и весов.
1904, 7 января — окончательная операция по удалению катаракты.