Но пылкая юношеская радость была омрачена смертью матери. Ольга Ильинична скончалась, не дожив и до 40, хотя была младше мужа почти на 13 лет. Ее похоронили на Успенском кладбище в пригородном селе Мурзинка.
А в сентябре 1895 г. на флагманском корабле эскадры крейсере «Рюрик» Александр Васильевич впервые отправился в океанское плавание на Дальний Восток. Уже в 1896 г. его назначают вахтенных офицером крейсера «Крейсер» (следует пояснить, что это бывший клипер «Крейсер», построенный в Санкт-Петербурге в 1876 г., по классификации судов русского флота отнесли к крейсерам 2-го ранга). На этом корабле Колчак совершил ряд плаваний в восточных морях Тихого океана. А в мае 1899 г. возвратился на «Крейсере» в Кронштадт. Где был переведен на должность вахтенного офицера на эскадренный броненосец «Петропавловск». Вскоре броненосец взял курс на Дальний Восток, ставший для Александра Васильевича местом не только его совершенствования, как военного моряка, но и становления как личности и патриота своего Отечества.
Можно вкратце упомянуть о трагической судьбе корабля мичманской юности Колчака «Рюрик». Крейсер примет неравный бой близ острова Цусима, во время которого погибнет капитан 1-го ранга Трусов (ему оторвет голову), один за другим погибнут и многие моряки команды, пока очередной заступивший на боевую вахту капитан Иванов-Тринадцатый не отдаст приказ затопить истерзанное судно, предприняв перед тем меры к спасению оставшихся живых и израненных. Александр Васильевич, сам принимавший участие в Русско-японской войне, узнает о судьбе корабля уже в Санкт-Петербурге, вернувшись из японского плена…
Проходя службу на Тихом океане, Колчак изучил китайский язык, глубоко и основательно усвоил восточную философию; все свободное от службы время он — любознательный от природы, основательный, ищущий, — посвящал исследованиям океана в области океанографии, гидрологии, корректировал карты течений вдоль дальневосточного побережья материка. У него сформировалась тенденция к познанию в сфере морских исследований и научному обоснованию. Итогом его первой научной работы стала публикация в 1899 г. «Наблюдений над поверхностными температурами и удельными весами морской воды, произведенных на крейсерах «Рюрик» и «Крейсер» с мая 1897 г. по март 1898 г.», получившая высокую оценку выдающегося русского ученого, вице-адмирала С. О. Макарова. Который после знакомства с молодым ученым предложил ему участвовать в подготовке экспедиции в Северный Ледовитый океан на построенном по проекту самого Макарова ледоколе «Ермак».