Клотильда Даниэльсен в вопросах религии отличалась свободомыслием. Она была более образованным и культурным человеком, чем ее муж, и неохотно мирилась с приниженным положением в семье. Вообще, она была сторонницей большей независимости женщин. Когда Карен вознамерилась поступить в колледж и получить медицинское образование, отец выступил категорически против, и лишь настойчивость матери помогла сломить его сопротивление.
Среднее образование Карен получила в частной приходской школе, куда была отдана по настоянию отца. Царившие там порядки привели, однако, к совершенно неожиданному педагогическому результату. Строгое религиозное воспитание не нашло отклика в душе девушки, и уже к 17 годам Карен склонилась к атеизму и скептицизму.
Карен Даниэльсен обладала ярким умом, тягой к знаниям и сильным стремлением к самоутверждению. По ее мнению, симпатии родителей всегда принадлежали ее старшему брату Берндту; себя же она чувствовала нежеланным и нелюбимым ребенком. Эти переживания породили также ощущение собственного физического несовершенства, что абсолютно не соответствовало действительности: Карен была весьма привлекательна. Для себя она решила: если не получается быть красивой, надо быть умной и решительной. Желание заниматься медициной появилось у нее еще в двенадцатилетнем возрасте. И Карен сохранила это устремление, тогда как тяга к педагогике и театру осталась преходящей. Окончив гамбургскую женскую реальную гимназию, она посвятила себя медицине, получив высшее медицинское образование в университетах Фрейбурга, Геттингена и Берлина. В 1909 г., еще будучи студенткой, она вышла замуж за Оскара Хорни, изучавшего в ту пору политические и экономические науки. У них родились три дочери — Бригитта (р. 1911), Марианна (р. 1913) и Рената (р. 1915). К своим материнским обязанностям Карен относилась, мягко говоря, без энтузиазма, что впоследствии дало повод дочерям обвинить ее в бесчувственности. Поглощенная своей работой, она полностью доверила их воспитание гувернанткам.
Получив в 1911 г. степень доктора медицины, Хорни стала работать в различных медицинских учреждениях Берлина, в частности в психиатрической клинике Карла Бонхофера. Ее докторская диссертация называлась «Посттравматические психозы» и была посвящена вопросу о том, какую роль органические и психологические факторы играют в возникновении болезненных психических симптомов. Именно этот вопрос был, по сути, центральным в развернувшейся в те годы дискуссии о клиническом применении психоанализа.
Впервые Хорни обратилась к психоанализу в качестве пациентки в связи с обострением в 1911 г. депрессии и тревожности. Эти симптомы возникли как следствие глубоких переживаний, вызванных смертью матери. Свою роль сыграли и двойственное отношение к отцу, и внутреннее противоречие между карьерой и домом, и накапливавшиеся проблемы в супружеских отношениях. Аналитиком Хорни выступил Карл Абрахам, один из ближайших сотрудников 3. Фрейда. Курс, однако, не был завершен и прервался менее чем через год. В своем дневнике Хорни записала, что разочарована результатами лечения. Это тем не менее не повлияло на возникновение у нее искреннего и глубокого интереса к психоанализу. (В 1921 г. она предприняла еще одну попытку; аналитиком выступил Ганс Сас; курс продлился шесть месяцев.) Освоив психоаналитический метод, Хорни с 1919 г. вела собственную практику и активно сотрудничала в Берлинском психоаналитическом институте, сначала как лектор (преимущественно по теме женской психологии), затем как клинический аналитик, позднее как аналитик-куратор.