Истории психологии Ананьев посвятил свою докторскую диссертацию. Он успешно защитил ее в 1939 г., став самым молодым доктором наук среди психологов того времени. История психологии с тех пор постоянно входила в круг его интересов. Он написал более 20 работ, в том числе монографию «Очерки истории русской психологии XVIII–XIX вв.» (1947). Корифеи науки воспринимались Ананьевым как союзники в делах современности. Вместе с тем для него весьма характерно было искреннее уважение к простым труженикам науки — пусть они не сделали великих открытий, но они служили науке честно, добывали факты, необходимые как воздух. Ананьев не упускал случая сказать доброе слово о своих сотрудниках и коллегах. Чувство локтя он ценил и сам обладал им в полной мере.
В конце 30-х гг. Ананьев написал несколько программных статей, в которых была выдвинута гипотеза о генезисе чувствительности. По мнению Ананьева, чувствительность с самого начала онтогенеза выступает как интегральная функция (отправление) целостного организма. Ананьев подчеркивал решающее значение сенсорных процессов в общем развитии человека и пришел к мысли о его неравномерности и гетерохронности.
Ананьеву было свойственно искать выход в практику для исследований, казалось бы, сугубо теоретических. В период работы над проблемами характера он установил контакты с учителями Ленинграда, вовлек их в общую работу, писал для учительства научно-популярные статьи, преподавал в институте усовершенствования учителей.
Война разом нарушила мирный ход событий. Ленинград с самого начала военных действий оказался прифронтовым городом, а 8 сентября 1941 г. вокруг города сомкнулось кольцо блокады. Ананьев вместе с небольшой группой сотрудников Института мозга оказался в эвакуации, сначала в Казани, затем на родине своей жены в Тбилиси, где начал работать в психопатологическом кабинете эвакогоспиталя. Здесь он занимался восстановлением речевых функций, утраченных в результате боевых ранений. Для своих пациентов он выступал не только наставником, но и другом. Он помогал им вновь обрести собственную личность, воспрянуть духом, и люди относились к нему с огромным уважением и любовью. Об этом свидетельствуют их безыскусные, но чрезвычайно искренние письма, хранимые в домашнем архиве Ананьева.
В середине ноября 1943 г. Ананьев вернулся в Ленинград. А в 1944 г. ректор Ленинградского университета А. А. Вознесенский предложил ему возглавить новую кафедру психологии. Выбор ректора был не случаен. Ананьев имел большой научный и личный авторитет, был признанным лидером ленинградских психологов. С августа 1944 г. Борис Герасимович стал заведовать, а вернее, создавать кафедру психологии и психологическое отделение философского факультета ЛГУ. Осенью начались занятия, в аудиторию пришли первые студенты. Среди них были известные ныне ученые Е. В. Шорохова и Л. М. Веккер.