ОКНШ не слишком благосклонно отнесся к этим планам генерала. На конференции в Ялте в феврале 1944 генерал Маршалл сказал англичанам, что не желает связывать крупные силы американской армии на Филиппинах и в голландских колониях. Он полагал, что филиппинские партизаны и вновь созданная армия Филиппинского содружества способны сами очистить архипелаг. Но поскольку ни 7 Флот, ни 8 Армия не требовались для высадок на Иводзиму и Окинаву, АКНШ разрешил МакАртуру использовать в этот период их как угодно.
Надо сказать, что и МакАртур и АКНШ допустили стратегическую ошибку. Как оказалось, генерал вполне мог обойти Визаяс и Минданао. Филиппинцы на этих островах не слишком страдали от присутствия японских гарнизонов, которые сейчас не могли получать никаких подкреплений и в любом случае сами бы сдались по окончанию войны. Силы, использованные для освобождения Визаяса и Минданао, можно было использовать на Яве и Суматре, где голландские колонисты находились под жестоким гнетом, а японцы весьма предусмотрительно поддерживали освободительное движение Сукарно. Хотя генерал МакАртур и не захотел заниматься сначала Голландской Ост-Индией, АКНШ должен был найти для него необходимые транспорты, когда он все-таки предложил это. Но никто не ожидал, что Тихоокеанская война уже в августе завершится с таким грохотом.
На конференции в Квебеке в сентябре 1944 Объединенный Комитет Начальников Штабов предсказал, что потребуется 18 месяцев после капитуляции Германии, чтобы добиться такой же безоговорочной капитуляции Японии. В действительности прошло чуть более 3 месяцев. Предполагалось высадиться на Кюсю в октябре, а на Хонсю в январе 1946 и вести бои на территории самой Японии. Поэтому останется более чем достаточно времени для освобождения Индонезии. В феврале 1945 МакАртур представил ОКНШ план проведения такой операции в июне. Но ОКНШ размышлял над ним до августа, когда стало поздно что-либо делать. После этого МакАртур занимался только вопросами оккупации Японии. Прошел целый месяц после окончания войны, прежде чем корабли союзников вошли в Батавию, уже переименованную в Джакарту. За это время страна попала в руки фанатичных националистов, которые, в отличии от филиппинцев, не имели опыта самоуправления.
Следует также отметить, что адмирал лорд Маунтбеттен, командующий силами союзников в юго-восточной Азии был готов и хотел освободить Индонезию в начале 1945, но не мог начать эту операцию, пока японцы контролируют Сингапур и Малаккский пролив. Адмирал Кинг хотел, чтобы Тихоокеанский флот адмирала сэра Брюса Фрезера помог МакАртуру и австралийцам в их операциях, но это запретил Черчилль. По соображениям престижа он требовал, чтобы Королевский Флот «присутствовал при смерти» Японии вместе с американским флотом. Так и было, и это решение принесло много пользы, однако Кинг был совершенно прав. Гораздо более важное значение с точки зрения будущего имело освобождение Индонезии и создание там стабильного правительства, чем помощь американцам в захвате Окинавы и обстрелы Японии.