Хотя наилучшим средством защиты торговых судов были переходы в составе конвоев, многим приходилось следовать по маршрутам, куда нельзя было выделить эскортные корабли. Транспортам приходилось следовать в одиночку. Для их защиты флот в начале 1942 начал устанавливать на транспортах орудия и размещать военные команды из матросов ВМФ. Это привело к значительным трениям между моряками торгового и военного флотов, которые получали совершенно разные деньги, совершая плавание на одном и том же судне. Матросы флота получали 50$ в месяц. Торговые моряки получали 100$ за 44-часовую рабочую неделю. За каждый час переработки платилось по 85 центов. Они также получали военную премию 100$ в Атлантике, а также различные суммы около 100$ за посещение районов военных действий. 15 марта 1943 эта премия к возмущению национального профсоюза моряков была сведена к выплате 125$ каждому человеку за воздушный налет, имевший место в период пребывания судна в порту, вне зависимости от того, было оно повреждено, или нет. Хотя за время пребывания на берегу торговые моряки платы не получали, в течение войны они могли не опасаться безработицы. Однако, в отличии от военных моряков, их семьи не получали пенсий, а сами они не имели выходного пособия. Конечно, торговый флот можно было включить в состав военно-морского или превратить во вспомогательную службу, как произошло с военными строителями. Этого не случилось по 2 причинам. Прежде всего, этому противился национальный профсоюз моряков, возглавляемый упрямым Джо Карреном. Кроме того, требовалось очень много моряков. Команды военного времени чуть не вдвое превышали штаты мирного. Поэтому торговые суда получали неплохих моряков, которые не подходили военно-морскому флоту по своим физическим кондициям.
По мере хода войны, военные команды и экипажи судов, встречая общею опасность, научились действовать совместно. Есть несколько примеров, когда вооруженные суда отгоняли или даже топили подводные лодки.
К июню 1942 авиация армии и флота Соединенных Штатов начали справляться с подводной угрозой. Однако они еще не могли рассчитывать полностью ее устранить. Особенно острой была нехватка эскортных кораблей. Эскортные миноносцы еще не начали поступать на вооружение. Не были организованы поисково-ударные группы с эскортными авианосцами. С другой стороны, адмирал Дениц еще не истощил свой репертуар, и конвоям предстояли тяжелые дни. Адмирал, который сменил Редера на посту главнокомандующего германского флота в январе 1943, в последующие 2 месяца сумел добиться самых крупных успехов.