После революции 1917 года почти все его родственники-дворяне бежали из России, но он был патриот и идеалист и стремился приносить пользу бедным людям. Поэтому он решил уехать в далекий район, чтобы работать хирургом и разъезжать по деревням. Жена отговаривала его, страдала, но скрепя сердце поехала за ним. Она всегда волновалась за него и за будущее своих детей — троих сыновей и дочери. А для него не существовало ничего, кроме хирургии, — он работал с упоением. До открытия антибиотиков было много гнойных воспалений, и Войно-Ясенецкий стал большим специалистом в их хирургическом лечении. Он писал научные статьи и стал известным ученым. Местные коммунистические власти относились к нему настороженно, но вынуждены были считаться с ним.
Однажды он уехал в дальний район, а когда вернулся домой, то застал жену в тяжелом состоянии: она была бледна, пульс едва прощупывался, а глаза смотрели на него с предсмертной тоской. Он понял, что у нее было внутреннее кровотечение от внематочной беременности, и сразу начал операцию — других хирургов вокруг не было. Если бы он вернулся раньше, то мог бы ее спасти. Но у нее была слишком большая потеря крови, и она умерла на операционном столе. Ей было тридцать семь лет.
Если бы жена умерла «под ножом» другого хирурга, он потерял бы только жену. Но на своей операции он потерял еще и веру в хирургию: ему казалось, что своей смертью жена доказала ему несостоятельность его увлечения хирургией. Она унесла свою любовь и любовь к его профессии. Разочарование в хирургии, крах всех его надежд был так силен, что привел его к отчаянию. А отчаяние часто приводит к Богу, к вере. Сразу после похорон он уехал в монастырь (кое-где они еще оставались) и постригся в монахи. Ему было сорок два года. Детей он оставил на воспитание бездетной медицинской сестре, с которой работал.
Его слава хирурга еще ходила по всей стране, а сам он уже только молился в келье далекого монастыря. Через семь лет его сделали иеромонахом с именем Лука. В 1930-е годы его монастырь был разогнан большевиками, а Лука отправлен в ссылку без срока в дальний уголок Сибири — в поселок Мымра. Ссылка не угнетала его, молитвы и служба Богу занимали все помыслы. Только чтобы как-то прожить, он устроился работать санитаром в маленькую больницу. Он мыл полы, прислуживал больным, таскал их на носилках, выносил за ними горшки, а иногда даже отвозил их в операционную. Там он помогал молодому хирургу надеть стерильный халат, завязывал на нем тесемки сзади и ничем не выражал заинтересованности в операциях.