Одним из таких людей был и Столетов. В ту пору, когда символами времени были чеховские унтеры Пришибеевы — порождение той полицейщины, которая господствовала в русском обществе, и учитель Беликов со своим «как бы чего не вышло», Столетов и его друзья продолжали бороться за честь науки, продолжали работать во имя больших и высоких целей.
Реакция посягала и на свободу преподавания и на свободу научного исследования. В университете снова начинается острая общественная борьба. Жизнь прогрессивных профессоров, таких, как Тимирязев, Столетов, Сеченов, протекала в повседневных и непрерывных столкновениях с университетским начальством. Передовые ученые горячо отстаивали право на свободное творчество.
Именно восьмидесятые годы отмечены в жизни Столетова работами огромного масштаба. Деятельность его в это время становится особенно многообразной.
Столетов не был революционером, он не был активным борцом за свержение самодержавия, но он принимал горячее участие в борьбе против сил реакции. Он боролся против реакции, строя физическую лабораторию, ратуя за создание подлинно научной системы преподавания. Он боролся против реакции, работая как исследователь, создавая и двигая вперед русскую науку. Он боролся, воспитывая и выращивая молодых русских ученых, радушно встречая каждого, кто хочет посвятить себя науке. Боролся Столетов с темными силами, грозящими подавить все передовое, все новое, и выступая в залах Политехнического музея перед широкой аудиторией.
Вскоре после возвращения Столетова с конгресса, в 1882 году, на физико-математическом факультете университета происходят крупные изменения. Любимов уходит в отставку. Место профессора экспериментальной физики освобождается, и на это место назначают Столетова. Наконец-то Столетов получил возможность читать ту научную дисциплину, в область которой он, преподавая теоретическую физику, мог делать только незаконные набеги. Столетов давно уже мечтал о том, чтобы начать читать студентам экспериментальную физику.
Кафедру теоретической физики Столетов в 1883 году передает своему ученику, молодому магистру Алексею Петровичу Соколову. Ему же он передал заведование физической лабораторией. Но Столетов не порывал связи с лабораторией. Каждое новое начинание Соколов предпринимал, обязательно посоветовавшись со своим другом и учителем.
Столетов считает, что лаборатория — место, где студент сам непосредственно учится исследовать, — пожалуй, даже важнее, чем физический кабинет — хранилище приборов для демонстраций на лекциях. Главную часть сумм, отпускаемых на кафедру физики, он использует для пополнения оборудования физической лаборатории.