Столетова особенно возмутила фраза в письме Капниста, говорящая о том, что Столетов «частным обращением» к писцу добыл сведения, на которых зиждилось постановление комиссии. В ответном письме графу Капнисту Столетов подробно изложил все обстоятельства составления протокола. «Приступая к занятиям комиссии, — писал Столетов, — я счел существенно необходимым ознакомиться и ознакомить г.г. членов с точными цифрами вознаграждения служителей, взятыми из официального источника. С этой целью я, в присутственный день и час (утром 24 сентября), в канцелярии правления открыто обратился к помощнику секретаря правления, а потом и к секретарю (только что входившему в канцелярию), с запросом, не найдут ли они возможным предоставить мне для просмотра относящиеся к данному вопросу документы. Получив согласие, при чем тут же при мне приказано было одному из писцов подобрать и передать мне соответствующие дела на ведомости, — я того числа вечером получил те и другие для просмотра на дому, и после этого ни за какими иными справками к писцу не обращался. Таким образом, обвинение, будто я «частным обращением к писцу канцелярии правления» добыл какие-либо данные, основано на неточном сведении, доставленном Вашему сиятельству».
Капнист был удовлетворен ответом Столетова, но продолжал, однако, настаивать на неуместности резкой характеристики такого высокого учреждения, как правление университета.
Ректор Боголепов был страшно недоволен, что Столетов через его голову обратился сразу к попечителю. Боголепов попрежнему утверждал, что Столетов самовольно взял документы у письмоводителя, иными словами, обвинял профессора в краже. Он даже потребовал очной ставки Столетова с писцом. Письмоводитель подтвердил все, что говорил Столетов. Клевета Боголепова была обнаружена. Но ректор отказался извиниться перед профессором. После этого инцидента Столетов перестал подавать Боголепову руку.
С осени 1892 года отношения Столетова с реакционной профессурой, предводительствуемой Боголеповым и его помощником профессором Некрасовым, обостряются. Когда профессора университета хотели подать Боголепову, собиравшемуся уйти из университета, адрес с просьбой остаться, Столетов отказался его подписать. Не подписал адреса и В. В. Марковников, он даже написал на адресе «совершенно не согласен».
Столкновения Столетова с ректором вскоре же дали тяжелый для Столетова отголосок.
Недруги Столетова стали писать на него доносы, распространять о нем тенденциозные слухи.
В начале 1893 года группа академиков — Чебышев, Бредихин, Н. Бекетов — выдвинула Столетова кандидатом в академики. Всем передовым русским людям было совершенно ясно, что Столетов — первый физик России. Имя Столетова к этому времени уже было овеяно всемирной славой. Основоположник школы русских физиков, знаменитый творец теории фотоэлектрических явлений, создатель замечательного метода исследования магнитных свойств железа, блестящий пропагандист материалистических идей, Столетов был известен всем физикам мира. Но для официальной царской науки все это не имело никакого значения.