Исследуя развитие цыпленка, К. М. Бэр шаг за шагом проследил картину его развития. Процесс зародышевого развития впервые предстал перед изумленными взорами натуралистов во всей своей простоте и величии.
С переездом в Петербург молодой академик резко изменил как свои научные интересы, так и образ жизни. На новом месте его влекут и манят беспредельные просторы России. Громадная, но мало исследованная Россия того времени требовала всестороннего изучения. К. М. Бэр становится географом — путешественником и исследователем природных богатств страны.
За всю свою жизнь К. М. Бэр совершил множество путешествий в пределах России и за границей. Его первое путешествие на Новую Землю, предпринятое им в 1837 году, продолжалось всего четыре месяца. Обстоятельства были крайне неблагоприятными для путешествия. Капризные ветры задерживали плавание. Парусная шхуна «Кротов», предоставленная в распоряжение К. М. Бэра, была чрезвычайно мала и не приспособлена для экспедиционных целей. Топографические изыскания и метеорологические наблюдения экспедиции К. М. Бэра дали представление о рельефе и климате Новой Земли. Было установлено, что возвышенность Новой Земли в геологическом отношении представляет собой продолжение Уральского хребта. Особенно много сделала экспедиция в области познания фауны и флоры Новой Земли. К. М. Бэр был первым натуралистом, посетившим эти острова. Он собрал ценнейшие коллекции обитающих там животных и растений.
В последующие годы К. М. Бэр совершил десятки путешествий и экспедиций не только «по градам и весям» России, но и за границу. Вот далеко не полный перечень главнейших из этих путешествий. В 1839 году вместе с сыном он совершил экспедицию на острова Финского залива, а в 1840 году в Лапландию. В 1845 году совершает поездку на Средиземное море. За промежуток 1851–1857 годов предпринял ряд экспедиций на Чудское озеро и Балтику, в дельту Волги и на Каспий с целью изучения состояния рыболовства в этих районах. В 1858 году К. М. Бэр вновь ездил за границу на съезд естествоиспытателей и врачей. В последующие годы (1859 и 1861) он вновь путешествует по Европе.
Им была предсказана катастрофа Аральского моря еще в далеком 1861 году, когда он ездил в те края для выяснения причин его обмеления. Причем он опроверг версию, раздуваемую в меркантильных целях каботажной компанией о том, что будто это обмеление происходит за счет балласта, выбрасываемого с приходящих кораблей. Страсть к путешествиям у К. М. Бэра была неуемной: будучи уже восьмидесятилетним старцем, он мечтал о большой экспедиции на Черное море.