Большое влияние на духовное развитие Шолема оказали такие выдающиеся представители еврейской культуры, как X. Н. Бялик, Ш. И. Агнон, Ш. 3. Рубашов (впоследствии президент Израиля 3. Шазар) и др., тесно связанные с еврейской традицией, всегда существовавшей в Восточной Европе. Влиял на него и М. Бубер, тогдашний властитель дум сионистов Германии; позднее между Бубером и Шолемом возникли серьёзные разногласия как по практическим политическим вопросам (в частности, об отношении к роли Германии в Первой мировой войне), так и по вопросам оценки еврейского духовного наследия (в частности, хасидизма). Подход Шолема к этому наследию был строго научным, объективным; Бубер же всегда был не столько учёным, сколько философом и поэтом, склонным к романтизации истории.
Под влиянием Рубашова Шолем изучил идиш и перевёл с него на немецкий книгу «Изкор», посвящённую памяти погибших пионеров второй алии. Предисловие к книге написал М. Бубер. Шолем перевёл на немецкий язык письма X. Н. Бялика и Ш. И. Агнона.
В 1915-1922 годах Шолем учился в университетах Берлина, Йены, Берна и Мюнхена – сначала изучал математику и философию, затем семитскую филологию; однако фактически всё это время он занимался изучением еврейской мистики. Не имея руководителя, преодолевая огромные трудности, Шолем самостоятельно изучил язык каббалы, что открыло ему путь в мир её символов, представлений и тайн. Первым плодом его неутомимых усилий явился комментированный перевод на немецкий язык большого произведения ранней каббалистической литературы – «Сефер га-Багир» (конец XII в.), опубликованный в 1923 году. В том же году Шолем покинул Германию и переселился в Эрец-Исраэль. Алия была для него прежде всего личным решением. «Проблема была личной, не национальной, – отвечал Шолем на вопрос, что побудило его к алие. – Не знаю, какова была бы моя проблема, если бы я происходил из бедняков Польши. Но для немецкого еврея вроде меня проблема была личной: правилен ли этот путь?… Я верил, что если есть надежда на обновление иудаизма, обновление самой его сущности, на раскрытие таящихся в нём сил, то это может произойти только здесь, при встрече человека-еврея с самим собой, со своим народом и питавшими его корнями».
До 1925 года Шолем возглавлял еврейский отдел Национальной библиотеки в Иерусалиме. С 1925-го он читал в Еврейском университете курс каббалы и еврейской мистики; в 1933-1965-м был профессором. В 1946-1952 годах Шолем руководил от имени университета спасением памятников еврейской культуры, уцелевших после Катастрофы европейского еврейства. Он был также одним из основателей Израильской академии наук, а в 1968-1974 годах – её президентом. Научная деятельность Шолема включает как специальные исследования в отдельных областях филологии, библиографии и т.п. (в т. ч. открытие многих не известных ранее рукописей и издание текстов), так и создание больших трудов синтетического характера, основанных на материале, полученном в результате исследований источников. Специальные исследования Шолема публиковались в таких научных журналах, как «Кирьят-Сефер», «Ци-он», «Цфунот». К другой группе относятся книги: «Основные течения в еврейской мистике» (1941), «Шабтай Цви и саббатианское движение» (т. 1-2, 1957), «Еврейский гностицизм, мистика