В повседневной жизни Николай Егорович подчинялся сильному влиянию матери — Анны Николаевны — волевой, умной и властной женщины. Умерла она в 1912 году, в возрасте девяноста пяти лет.
Надежда Сергеевна Сергеева появилась в доме Жуковских в 1889 году как сиделка при больной сестре Николая Егоровича — Марии. Умирая, Мария Егоровна просила мать и брата: «Пусть Надя останется в семье». В 1891 году Надежда Сергеевна вышла замуж, но брак оказался неудачным — муж, некий Антипов, был алкоголиком. Вскоре Надежда Сергеевна стала гражданской женой Николая Егоровича. Погруженному в науку Жуковскому было сложно помогать ей в бракоразводном процессе. Так все и осталось без изменений: Надежда Сергеевна формально считалась Антиповой, а родившиеся Леночка и Сергей считались его детьми.
Позднее Надежда Сергеевна уехала из дома Жуковских и умерла у себя на родине, в Тамбовской губернии, в 1904 году.
Дети Жуковского — Елена Николаевна (1894–1920), талантливый математик, и Сергей Николаевич (1900–1924), студент Военно-воздушной академии, умерли бездетными.
Все наследие Николая Егоровича осталось в научных трудах, основанных при его участии институтах (ЦАГИ и ВВА) и талантливых учениках, составивших целую эпоху в нескольких направлениях науки и техники.
Среди учеников H. E. Жуковского были выдающиеся ученые и конструкторы, академики и летчики: А. Н. Туполев, Я. Д. Аккерман, Н. А. Артемьев, А. А. Архангельский, Н. Р. Брилинг, Б. М. Бубекин, В. П. Ветчинкин, Н. Б. Делоне, А. А. Микулин, Г. М. Мусинянц, Л. С. Лейбензон, В. М. Петляков, Б. И. Российский, Г. X. Сабинин, Б. С. Стечкин, К. А. Ушаков, С. А. Чаплыгин, Б. Н. Юрьев…
Об исключительном впечатлении, оказанном на него лекцией H. E. Жуковского, прочитанной в Киеве в декабре 1908 года, вспоминал авиаконструктор И. И. Сикорский. Учениками H. E. Жуковского считали себя и один из первых русских летчиков Б. И. Российский, совершавший полеты с Ходынского поля еще в 1910 году и учившийся в ИМТУ в 1904–1909 годах, и выдающийся летчик-испытатель, летчик номер один, Герой Советского Союза M. M. Громов.
Б. И. Российский был избран в 1909 году председателем практической комиссии воздухоплавательного кружка, а в конце того же года отбыл во Францию, где вскоре получил одно из первых «Бреве» (диплом летчика) в России.
Ученик H. E. Жуковского старшего поколения, член-корреспондент АН СССР Н. Р. Брилинг (1876–1961) был одним из основателей советского двигателестроения, принимал участие в создании двигателей самого разного назначения. Один из главных организаторов НАМИ