Порт Скаген является одним из крупнейших портов и важным центром судоходства Скандинавского полуострова; в порт может войти любое судно независимо от его размеров и осадки. Порт имеет четыре гавани — Нудде-фьорд, Логен, Санвик и Брейдвик. Гавани Нудде-фьорд и Логен являются главными. Первая предназначена для военных и больших судов торгового флота, вторая — для судов торгового флота и рыболовных.
Порт располагает большой причальной линией, состоящей из мола, пирсов, набережных и пристаней, а также достаточным объемом складской площади для хранения грузов. Грузовые операции в порту в основном производятся судовыми средствами у одного из причалов или на рейде. На причалах порта имеются краны, а для рейдовых работ — лихтеры. В порту можно получить необходимое количество бункерного угля, жидкого топлива, пресной воды и приобрести техническое снабжение и провизию. Для ремонта судов в порту имеются плавучие и сухие доки, эллинги, верфи.
Между портом Скаген, портами Европы, а также портами США поддерживается пассажирское и грузовое пароходное сообщение. Регулярное пароходное сообщение имеется с портами Гулль и Ньюкасл. Кроме того, порт Скаген является главным портом захода многих каботажных линий. Подход к порту днем не представляет затруднений; ночью для этого служат освещаемые знаки Кварвен и Мольтегрунскайен.
Лоцман. При входе во внутреннюю часть гавани Нудде-фьорд или гавань Логен, а также при выходе из них лоцманская проводка обязательна. Лоцман принимается на борт на рейде или в порту по заявке капитана порта. Суда, приходящие с моря, должны ждать прибытия лоцмана на рейде или на якоре в гавани Нудде-фьорд или Санвик. В порту можно принять лоцмана для проводки судна шхерным фарватером.
Спасательное судно стоит в порту Скаген.
Штормовые сигналы поднимаются на мачте, установленной на форту Фредриксберг.
Сигналы времени подаются днем на здании обсерватории.
Лед. Порт замерзает только в очень суровые зимы.
Карантин. Местом якорной стоянки судов, подлежащих карантину, является рейд Клурвог.
Определение девиации компасов производится в порту штатными девиаторами.
— Распорядитесь принять лоцмана, Валерий Николаевич, — сказал капитан, опуская бинокль. — Вон, торопится катеришко… Место нам в гавани Логен определили, как обычно, у мола Смольтерунскайен.
«Уральские горы», крупнотоннажное грузопассажирское судно, стоящее на линии Поморск — Скаген — Поморск, почти погасило инерцию и едва двигалось по серо-свинцовой глади бухты Скагенсхамн. Теперь уже и невооруженным глазом можно было увидеть идущий к «Уральским горам» лоцманский бот, несущий четырехугольный флаг, верхняя половина которого была белой, а нижняя — красной. На белом борту лоцбота четко выделялись черные буквы: «LOS».