В 2004 г. к власти в Грузии пришел Михаил Саакашвили. Вступая в должность Президента, он заявил, что «будет защищать Конституцию страны, заботиться о безопасности и благополучии каждого ее гражданина». Отметив, что Грузия ориентирована на европейские ценности и интеграцию в европейские структуры, Саакашвили сказал, что стране нужны и хорошие отношения с Россией.[6]
Стороны начали движение к урегулированию ситуации в конфликтных зонах. Положительную оценку со стороны России получило сотрудничество между пограничными силами в районе Панкисского ущелья и прилегающей к нему территории РФ. Фактически в первый же год правления Саакашвили панкисская проблема, существовавшая между Грузией и Россией, была закрыта.
Михаил Саакашвили одной из главных своих задач считал восстановление территориальной целостности грузинского государства. Претендуя на роль «собирателя грузинских земель», он неоднократно обещал использовать «любые средства» для возвращения под суверенитет Тбилиси «мятежных автономий».[7] Тбилиси удалось подчинить Аджарию. Саакашвили решил не останавливаться на достигнутом и заодно призвать к порядку Абхазию и Южную Осетию. В результате резко обострилась ситуация в зонах конфликтов. Ни Цхинвал, ни Сухум вернуть под юрисдикцию Тбилиси не удалось, что, по мнению грузинского президента, не произошло по вине России. Президент Грузии начал делать резкие заявления, обвиняя Россию в попустительстве сепаратистским устремлениям властей Абхазии и Южной Осетии, де-факто аннексии их территории путем предоставления пенсий и паспортов жителям этих республик, финансовой поддержки и обучения военных, инвестиций в экономику.
В ответ президент России В.В. Путин в августе 2004 г. заявил, что «Россия готова внести свой посильный вклад в урегулирование и восстановление территориальной целостности Грузии, но не собирается брать на себя несвойственные функции и выступать на одной стороне. Мы готовы сыграть роль посредника и гаранта договорённостей, которые могут быть достигнуты, если будет добрая воля».[8]
В августе 2006 г. грузинские подразделения заняли верхнюю часть Кодорского ущелья. 26 сентября 2006 г. президент Грузии Михаил Саакашвили объявил, что этот регион Абхазии, контролируемый ныне грузинским правительством, будет именоваться Верхней Абхазией и что с 27 сентября там начнет функционировать правительство Абхазской автономии, до этого работавшее в Тбилиси. Абхазские власти не признали «правительства в изгнании» и были категорически против его присутствия в Кодорском ущелье. Абхазия отказалась продолжать переговоры с Тбилиси, пока Грузия не выведет войска из Кодори. 18 октября 2006 г. Народное собрание Абхазии обратилось к российскому руководству с просьбой признать независимость республики и установить между двумя государствами ассоциированные отношения. Со своей стороны, российское руководство неоднократно заявляло о безусловном признании территориальной целостности Грузии, неотъемлемой частью которой является Абхазия.