После смерти Ивана сын его Федор, как старший, вступил на престол. Уступая просьбам жены, он записал в ближние бояре Бориса, ее брата, настоящего великого князя. Заседая в боярской думе и пользуясь благоволением Федора, проницательному и коварному Борису пришло на ум самому сделаться великим князем, и с той поры он начал обдумывать способ умертвить Димитрия и отделаться от Федора, жену которого боярская дума решила заточить в монастырь вследствие бесплодия.
Не трудно было Борису убедить Федора, склонного по природе к набожности, оставить заботы с княжестве и удалиться в монастырь Св. Кирилла. Это было сделано без ведома опекунов Федора, которых Борис умертвил, чтобы они не мешали его предприятиям.
После того как Ирина, жена Федора, сестра Бориса Годунова, достигла полной власти в правлении для своего брата, последний начал думать о том, как бы избавиться от Димитрия, который со временем мог помешать его замыслам.
Борис тайно отравил опекунов Димитрия, заместив их от имени великого князя другими, с помощью которых надеялся отравить ребенка. Это злодеяние без сомнения ему бы удалось, но воспитатель Димитрия заметил козни Бориса и многократно предупреждал мальчика об угрожающей ему опасности и неминуемой смерти, если он не будет остерегаться, на что умный и развитый мальчик обратил внимание.
Так как первая попытка убийства не удалась Борису, то он подкупил нескольких злодеев, которым приказал ворваться ночью в комнату мальчика и убить его в постели. Это злодеяние без сомнения удалось бы, но вышеупомянутый воспитатель, предчувствуя опасность, грозящую его питомцу, положил в постель Димитрия другого мальчика, его родственника, тех же лет, который и был убит злодеями вместо Димитрия, а последний спасся. Шум разбудил домашних, которые, думая, что Димитрий убит, начали искать убийц и, найдя их, растерзали. Говорят, что в этой смуте погибло тридцать детей, и впоследствии предположили, что среди них был тот ребенок, которого в действительности убили вместо Димитрия.
Слух об этом злодеянии быстро распространился. Мать Димитрия, уверенная, что погиб ее сын, так как убитый ребенок был неузнаваем вследствие нанесенных ему ран, послала гонца к великому князю с известием об убийстве. Но Борис, желая отвратить от себя все подозрения, отнял у гонца письмо и передал великому князю все дело в другом свете, именно, что Димитрий в припадке падучей болезни убился сам и таким образом был найден окровавленным в постели. Великий князь был очень опечален этим происшествием и приказал, чтобы тело брата было похоронено в склепе его предков, но патриарх, согласно указаниям Бориса, сказал, что не следует хоронить самоубийцу в склепе, где покоятся помазанники Божии. Федор хотел отдать брату последний долг, но Борис удержал его от поездки в Углич на похороны Димитрия, так как всеми силами старался, чтобы великий князь ничего не узнал об этом ужасном злодеянии. Поэтому он послал Геласия, митрополита Крутицкого, и Андрея Клешнина в Углич на погребение Димитрия. После похорон они заточили мать Димитрия в монастырь, некоторых из ее слуг умертвили, а других выслали из пределов государства. Кроме того, они приказали обезглавить двести человек из жителей Углича за то, что они без ведома великого князя расправились с слугами Димитрия.