Гуль писал, что эмиграция, унося с собой Россию, унесла свою Церковь. И верно: в России того времени церкви только закрывали, а комсомольцы почитывали журнал «Безбожник». Сама идея Богословского института была вызовом времени, отмахнувшемуся от вечных духовных запросов.
О. Сергий пригласил преподавателей, чьи имена говорят сами за себя. Патристику читал философ и теолог Георгий Флоровский, будущий автор классического труда «Пути русского богословия». Лекции о философской мысли в России поручили авторитетному историку культуры и религиозной жизни Василию Зеньковскому; в Киеве он недолгое время был министром вероисповеданий правительства Скоропадского. Приезжал из Берлина Семен Франк, впоследствии совсем перебравшийся в Париж; его курс назывался «Духовные основы общества». Франка выслали из России на «философском пароходе». И непреднамеренно оказали важную услугу делу, которому посвятил жизнь о. Сергий со своими сподвижниками.
Это дело не встречало сочувствия со стороны церковной иерархии. В Югославии, в Сремских Карловцах, поздней осенью 1921 года прошел Собор, провозгласивший Русскую православную церковь за рубежом. Она не признавала ни советскую власть, ни московского патриарха, престол которого после Тихона пустовал два десятилетия. Временно патриаршую должность исполнял местоблюститель Сергий, до революции управлявший Финляндской епархией. Он одно время был близок к обновленцам, вносившим раскол в церковную жизнь, каялся за это перед Тихоном, а став фактическим главой церкви, заявил о ее лояльности безбожному государству и призвал верующих, которых тысячами расстреливали и ссылали, сотрудничать с властью. Местоблюститель требовал непризнания карловацких отступников, а они в ответ разорвали все отношения со Временным патриаршим священным синодом в Москве.
Архиепископ Антоний (Храповицкий), который руководил русскими приходами за границей, был человеком консервативных взглядов и политиком из политиков. Из Праги и Парижа о. Сергий с горестным чувством наблюдал за его деятельностью. Вот запись в дневнике, относящаяся к январю 1923-го: «Слышал… о творившемся в Карловацком соборе, об его атмосфере: даже не думал, что это так тяжело, так страшно, так безнадежно. Там и не интересовались делами церковными — митр. Антоний с обычным цинизмом заявлял: „кто теперь интересуется религией: два архиерея, 4 священника да шесть мирян… правой или левой партии они служат“ — все было поглощено политиканством, ищут нового барина, устроиться по-старому». Неотделимость православия от русской монархии и от дома Романовых для карловацких иерархов являлась аксиомой, а о. Сергий для них был подозрителен уже тем, что прошел через увлечение революцией. Не допуская такого положения, когда церковь подчинена политическим нуждам, он вызывал у карловацкого руководства сильное недовольство, и в 1927 году последовало послание Архиерейского Синода с прямыми обвинениями в том, что труды о. Сергия заражены духом «модернизма». Еще восемь лет спустя взгляды Булгакова были впрямую осуждены указами, изданными сначала московским владыкой, затем Антонием. К счастью, с этими указами не согласился парижский митрополит Евлогий, которому о. Сергий был канонически подчинен.