С первыми лучами солнца Ховард поставил всех своих людей в строй. С помощью мощной кавалерийской атаки Миллера и Пэрри при поддержке артиллерийской батареи Отиса и пехотинцев Родния ему удалось отбить Проткнутых Носов от горного родника. Индейские воины не смогли устоять перед столь мощным натиском синих мундиров. Они отступили и до полудня держали оборону, притаившись между камнями. В полдень в игру вступил кавалерийский резерв Джексона. Спешили к месту схватки и волонтёры МакКонвля. Всё это заметно притушило боевой пыл краснокожих. «В течение нескольких минут индейцы Жозефа ожесточенно отбивались на своих баррикадах, – вспоминал Ховард, – но всё-таки их ряды дрогнули. Сию же минуту их стали теснить по всему фронту всеми возможными силами: артиллерией, пехотой и кавалерией. Движение сделалось всеобщим. Индейцы потерпели очевидное поражение»
Ховард рассказывал, как воины Проткнутых Носов кувыркались среди древесных стволов, как перепрыгивали через каменные глыбы и острые уступы. Река не основила их, но солдаты сочли, что она «черезчур глубока и стремительна, чтобы переходить её вброд, поэтому решили дождаться кавалеристов Пэрри. Вскоре верховые преодолели водную преграду и медленно въехали в индейский лагерь.»
Незадолго до общего отступления Проткнутых Носов с линии огня вождь Жозеф трезво оценил обстановку и решил возложить на себя обязанности защитника деревни. Жёлтый Волк рассказывал: «Женщины, не зная, что между воинами возникли разногласия, как уходить с поля боя, не получили времени на свертывание лагеря. Жозеф не успел предупредить их загодя.» Спор среди индейцев начался уже ночью 11 июля. Рычащий Орел и некоторые другие настаивали на том, что многие воины не хотели драться: «Зачем ввязываться в сражение, когда солдаты ещё не нападают на наш лагерь?» Начавшиеся ещё до боя споры (биться или не биться с солдатами, сложить ли оружие, возвратиться в Уаллоуа или же искать себе новый дом среди индейцев-Ворон (Crow Indians) в Монтане) продолжались и после битвы на Чистой Воде.
Действия Пэрри были решительными до того момента, когда он подошел к водному потоку. Тут он заколебался. Оказалось ли причиной его заминки недопонимание приказов или беспрестанная стрельба индейских снайперов, но эта задержка дала Жозефу возможность ускользнуть. Было всего лишь пять часов вечера, поэтому племя прошло вниз по реке и стало лагерем в безопасном месте в устье ручья Коттонвуд. Оценив обстановку, Ховард разрешил своим людям сделать привал возле бывшего индейского стойбища, сильно изрытого снарядами.