10 апреля 1665 года Джеймс выпустил аналогичные инструкции, но всего лишь через 8 дней он издал 10 дополнительных инструкций, которые ясно показывают, что он собирается сосредоточить тактическое управление флотом в своих руках. Этот документ также впервые определяет промежуток между кораблями в линии кордебаталии — половина кабельтова (100 ярдов). Эту дистанцию Королевский Флот будет соблюдать почти 200 лет. В конце мая, накануне боя у Лоустофта, принц издал два дополнительных набора инструкций, еще больше усилив положения предыдущих. При Лоустофте Джеймс одержал решительную победу над голландским флотом, который совсем немного уступал по силам английскому. Однако он не сумел организовать преследование разбитого противника, и был отправлен на берег. Вместо него командующими были назначены принц Руперт и герцог Албемарл. Их первые боевые инструкции, датированные 1 мая 1666 года, были повторением инструкций, которые в 1653 году подписал Албемарл, будучи еще генералом Монком.
Хотя на бумаге кильватерная колонна считалась неприкосновенной святыней, в море ее уважали не столь сильно. Во время боя у Лоустофта в нарушение всех инструкций Джеймса его собственный флот раскололся на 4 или 5 отдельных колонн. Когда в июне 1666 года Руперт и Албемарл были разбиты де Рейтером в Четырехдневном сражении, клерк Адмиралтейства Сэмюэль Пепис в своих знаменитых дневниках приводит фразу адмирала сэра Уильяма Пенна, который, впрочем, в бою не участвовал: «Мы должны сражаться в колонне. Если мы сражаемся беспорядочно, дело заканчивается показательным разгромом. Голландцы сражаются иначе. Если мы хотим разбить их, мы тоже должны сражаться иначе». Но эти заключения сделаны адмиралом, который не любил ни одного из командующих, и, скорее всего, они преднамеренно неправильны. Как следует из дневников Пеписа, Пенн прекрасно знал, что истинной причиной поражения была стратегическая, а не тактическая ошибка. Еще перед боем Руперт и Албемарл поступили довольно глупо, разделив свои флоты. В результате Руперт появился в районе боя лишь на третий день. Вдобавок, по мнению Пенна, оба они с точки зрения тактики были в значительной степени авантюристами. Однако он должен был знать, что ни Руперт, ни Албемарл не получили полной свободы действий. Несмотря на пропасть, которая часто возникала между доктриной и практикой, Королевский Флот твердо придерживался кильватерной колонны как основного боевого порядка.
В начале Третьей англо-голландской войны герцог Йорк снова стал командующим флотом. Весной 1672 года он издал боевые инструкции, которые вобрали в себя почти все положения более ранних вариантов. В конце 1672 или начале 1673 года были отпечатаны книги с походными и боевыми инструкциями. Последние состояли из 26 статей, которые собрали все самое полезное из инструкций, появившихся с 1653 года. Эти «Инструкции по наилучшему управлению флотом Его Величества во время похода» и «Инструкции по наилучшему управлению флотом Его Величества во время боя» несколько раз переиздавались и продолжали использоваться до 1688 года, когда Славная Революция сбросила Джеймса с трона. Королевские инструкции были заменены другими, изданными в 1689 году. Они были названы более кратко: «Походные и боевые инструкции». К этому времени линия кордебаталии стала основным боевым строем практически всех европейских парусных флотов.