Недолгие поиски не принесли успеха, а потому негодяи покинули помещение и снова принялись обшаривать весь монастырь. Тем временем король стал проявлять нетерпение, велел дамам принести простыни и вытащить его из неудобного и сырого колодца. Елизавета Дуглас, стараясь следовать указаниям Якова, провалилась вниз, и в эту самую минуту, как назло, вернулись заговорщики. Один из них вспомнил о том, что не заглянул в подпол. Оторвав доску, негодяй увидел короля с дамой и воскликнул с издевкой: «Господа, я нашел невесту, которую мы разыскивали и восхваляли всю ночь». Затем два злодея, братья Холлы, спустились вниз с кинжалами наготове, чтобы схватить несчастного безоружного короля, стоявшего перед ними в халате. Однако Яков, будучи мужчиной решительным и сильным, швырнул обоих к своим ногам и попытался завладеть одним из кинжалов, поранив руки. Убийцам не поздоровилось — следы королевских пальцев украшали их шеи не одну неделю. Но тут сам сэр Роберт Грэм набросился на короля, и тот, сочтя дальнейшее сопротивление бесполезным, попросил пощадить его и позволить исповедоваться священнику. Грэм зло ответил ему: «Ты был всегда беспощаден и к тем, кто одной с тобой крови, и ко всем остальным, а потому не видать и тебе пощады, а что до исповедника, то им станет вот этот меч».
С этими словами он проткнул мечом тело короля. Но все же, говорят, что увидев, как Яков истекает кровью у его ног, Грэм одумался и решил не довершать злодеяния, но другие заговорщики потребовали, чтобы он добил короля, пригрозив прикончить его самого. И тогда Грэм и двое его сообщников стали наносить королю удар за ударом своими кинжалами. Следы шестнадцати ран насчитали лишь у него на груди.
К этому времени — увы, слишком поздно — весть об этом убийстве достигла города, и слуги короля вместе с горожанами Перта поспешили ему на помощь, вооружившись и взяв с собой факелы. Предатели, почуяв опасность, удрали в горы, лишившись всего одного или двух из своих людей, захваченных или раненых преследователями. Обсуждая между собой содеянное, они сожалели, что, опасаясь мести королевы, не убили ее.
Их опасения оказались не напрасны: королева Иоанна после этого жестокого убийства организовала такой тщательный розыск, что месяца хватило для того, чтобы все заговорщики оказались в застенке, где их подвергли допросу и изощренным пыткам. Роберту Стюарту и личному камердинеру короля щипцами сдирали мясо с костей, и они, несмотря на муки, признали приговор справедливым. Графу Атолу отрубили голову. Под угрозой смерти он отрицал свою причастность к заговору, хотя и признал, что слышал о нем от сына и советовал тому не участвовать в столь чудовищном преступлении. Сэр Роберт Грэм, главный злоумышленник, до самой последней минуты отрицал свою вину. Он сказал, что был вправе лишить короля жизни, поскольку предупредил, что больше не является его вассалом и объявил ему войну. Кроме того, он выразил надежду, что его память будет увековечена, ибо он покончил с жестоким тираном. Его подвергли невыносимым пыткам, и пока он еще дышал, сына его прикончили у него на глазах.