В США система управления инновационным процессом состоит из трех уровней: высшего государственного, среднего государственного или ведомственного (секториального) и нижнего государственного или институционального. На высшем государственном уровне:
• определяется стратегия развития науки и техники;
• принимаются решения по выбору и формированию так называемых национальных приоритетов;
• осуществляются финансирование и контроль выполнения программ инновационных разработок;
• принимаются законодательные меры по стимулированию инновационного процесса;
• распределяется ответственность между ведомствами. Высший государственный уровень представлен Конгрессом и президентом США, которые намечают и обсуждают общие стратегические направления государственной научно-технической политики, формулируют ее цели, устанавливают и утверждают национальные приоритеты. В пределах этих приоритетов государственные ведомства пользуются весьма широкой свободой при выборе конкретных направлений исследований и их исполнителей из числа лабораторий, подчиненных ведомствам, университетов или лабораторий частных фирм.
На среднем государственном или ведомственном уровне осуществляются руководство инновационным процессом по отраслям и видам исследований, формирование долгосрочных инновационных программ, выбор исполнителей на основе конкурса, заключение контрактов от имени правительства, оперативный контроль выполнения и внутриведомственная кооперация. Органами государственного регулирования инновационной деятельности в США на этом уровне являются министерства обороны, энергетики, здравоохранения и сельского хозяйства, а также Национальное космическое агентство (НАСА), Агентство по охране окружающей среды, Национальный научный фонд (ННФ), который курирует фундаментальные исследования. Национальный научный фонд в соответствии со своим статусом выступает основным федеральным ведомством, призванным содействовать росту научного потенциала страны и совершенствованию методов проведения фундаментальных исследований. Для ННФ в отличие от остальных министерств и ведомств основной задачей является развитие фундаментальной науки. Кроме того, ННФ регулирует сферу научных исследований путем стимулирования в основном фундаментальных исследований, а также финансирования крупных прикладных программ научных исследований и программ подготовки кадров.
На нижнем государственном или институциональном уровне непосредственно ведутся научные исследования в государственных или смешанных (частно-государственных) лабораториях и осуществляется текущее, оперативное выполнение программ.