Правовые аспекты организационных основ инновационного механизма дополнены после перехода к рыночным отношениям новыми законами, указами и постановлениями, которые в основном подтверждают необходимость функционирования сложившихся организационных форм. Основополагающим юридическим документом при этом является Федеральный закон «О науке и государственной научно-технической политике» от 23 августа 1996 г. В этом законе выделяются академический, отраслевой и вузовский сектора науки и определяются области их деятельности, особенности функционирования и финансирования. Кроме того, немало дополняющих и раскрывающих отдельные положения этого закона юридических документов принято в последние годы. К ним следует отнести Указ Президента РФ «Концепция национальной безопасности Российской Федерации» от 17 декабря 1997 г. и др.
Кроме этих основополагающих законов приняты и действуют другие нормативно-правовые акты, регулирующие (наряду с другими аспектами) организацию инновационной деятельности. Это указы Президента РФ «О государственных научных центрах Российской Федерации» от 22 июня 1993 г. и «О неотложных мерах по сохранению научно-технического потенциала Российской Федерации» от 27 апреля 1992 г., Федеральный закон РФ «О государственной поддержке малого предпринимательства в Российской Федерации» от 18 июня 1995 г., Гражданский кодекс Российской Федерации (введен в действие 1 марта 1996 г.), постановление Правительства РФ «О первоочередных мерах по обеспечению деятельности государственных научных центров Российской Федерации» от 25 декабря 1993 г.
Что касается других элементов инновационного механизма, таких, как финансово-экономическая, управленческая и информационная составляющие, то в последние годы в плане их правового обеспечения также принят пакет специальных законов и нормативных актов. В инновационной деятельности возникает такое юридическое понятие, как защита интеллектуальной собственности. В России законодательная охрана интеллектуальной собственности гарантирована Конституцией РФ (ст. 44). За последние 10 лет для правового регулирования инновационной деятельности, в том числе для защиты авторских прав на интеллектуальную собственность, принят ряд законодательных и нормативных актов. К основным из них можно отнести Патентный закон РФ, законы «О товарных знаках, знаках обслуживания и наименованиях мест происхождения товаров», «О правовой охране программ для ЭВМ и баз данных» и «О правовой охране топологий интегральных микросхем» от 23 сентября 1992 г., Закон «Об авторском праве и смежных правах» от 9 июля 1993 г., постановление Правительства РФ «О порядке использования изобретений и промышленных образцов, охраняемых на территории Российской Федерации авторскими свидетельствами на промышленный образец, и выплаты их авторам вознаграждения» от 12 июля 1993 г. и др.