Конструкция крылатой ракеты являлась типичной для самолетостроения того времени. По схеме Fi 103А-1 — свободнонесущий среднеплан классической схемы, двигатель располагался сверху и крепился к фюзеляж)' через пилон и вертикальное оперение.
Фюзеляж круглой формы, состоял из шести частей: носового конуса с двухлопастным пропеллером датчика дальности полета и отсеком магнитного компаса внутри; отсека боевой части, в котором располагалось до 830 кг взрывчатого вещества Amatol-39; третьей секции с топливным баком на 550 л, цилиндрической формы с четырьмя внешними стыковочными узлами спереди и узлами крепления крыла по бокам. Снизу к ней крепился направляющий башмак, входивший в прорезь трубы стартовой установки. В четвертой секции располагались два баллона со сжатым воздухом. В пятой — аппаратура управления и сверху пилон, через который осуществлялся подвод коммуникаций к двигателю. К хвостовой конической части крепилось вертикальное и горизонтальное оперение, внутри располагались агрегаты сервоприводов рулей.
Крыло прямоугольной в плане формы, постоянного симметричного профиля имело угол установки около 3° и состояло из двух консолей. Силовую схему крыла составлял один трубчатый лонжерон и набор нервюр. В фюзеляже лонжерон проходил через топливный бак и посредством быстросъемных узлов соединялся с лонжеронами консолей. Каждая консоль обшивалась целиковым листом обшивки, никаких подвижных элементов крыло не имело.
Плоскости вертикального и горизонтального оперений тоже прямоугольной формы, аналогичной конструкции с нормальными рулевыми поверхностями. Силовые элементы планера и обшивка — из легких металлов, за исключением одного деревянного шпангоута для крепления магнитного компаса.
Силовая установка: пульсирующий воздушно-реактивный двигатель Argus As 014, усредненные значения тяги: стартовая — 366 кг, в крейсерском полете на Н=3000 м — 254 кг. В передней части двигателя располагался короткий профилированный воздухозаборник (диффузор), в нем находилась клапанная решетка и топливный коллектор. Далее сужающийся канал переходил в прямую выхлопную трубу. Передний узел навески находился в корпусе воздухозаборника и через короткую цилиндрическую балку, проходившую внутри пилона, крепился к шпангоуту. Сзади труба скобой крепилась к лонжерону киля. Подача топлива — за счет вытеснения сжатым воздухом из бака, свечи зажигания работали от аккумулятора.
Система управления состояла из автопилота, работавшего от системы датчиков, который воздействовал на рули управления через сервоприводы, работающие от баллонов сжатого воздуха. В систему датчиков входил гироскопический компас, осуществлявший корректировку курса, анемометр контроля дальности с приводом от пропеллера, выдававший сигнал на отключение двигателя и перевод ракеты в пикирование, и барометрический датчик, выводивший аппарат на заданную высоту и поддерживавший ее в полете. Динамическое давление подавалось к аппаратуре управления через ПВД, расположенный в передней кромке пилона. Жгут проводов от носового отсека к органам управления проходил снаружи корпуса и закрывался специальным кожухом.