В качестве начальника оперативного отдела моторизованной дивизии СС «Дас Рейх» во время тяжелых оборонительных боев на Восточном фронте под Ельней в 1941 году он повел за собой в отчаянный рукопашный бой саперный батальон дивизии, который нанес удар в спину русским частям, серьезно угрожавшим северному флангу дивизии. В результате этой контратаки русские части были разбиты. За этот бой Вернер Остендорф, носивший в то время звание оберштурмбаннфюрера СС, получил 13 сентября 1941 года Рыцарский крест. Уже после его смерти 1 мая 1945 года приказом от 6 мая 1945 года он был награжден дубовыми листьями к Рыцарскому кресту.
После полудня русская противотанковая позиция была ликвидирована. Тем временем соединения 9-й танковой дивизии СС обеспечили эффективное прикрытие фланга с севера.
11 марта 1945 года в 9:00 бронегруппа полка СС «Дер Фюрер» снова перешла в атаку. Полк СС «Дойчланд» обеспечивал охранение правого фланга 2-й танковой дивизии СС «Дас Рейх» и выполнял это задание в наступательной манере, то есть постоянно проводил атаки с ограниченной целью в южном направлении. Прикрытие левого фланга дивизии, как и до сих пор, обеспечивала 9-я танковая дивизия СС.
Командир полка руководил атакой, находясь в бронемашине связи. В великолепную весеннюю погоду атака боевых машин 2-го батальона 2-го танкового полка, бронетранспортеров 3-го батальона, артиллеристов 2-го артиллерийского полка и гренадеров 2-го батальона развивалась прямо-таки классически. Бронегруппа полка СС «Дер Фюрер» быстро продвигалась вперед, и еще до полудня ей удалось овладеть населенным пунктом Чиллаг-Майор. Сопротивление противника постоянно нарастало. (Всего немцы для проведения наступления сосредоточили в этом районе 431 тыс. чел., 5630 орудий и минометов, 877 танков и штурмовых орудий, 900 бронетранспортеров и 850 самолетов. Им противостояли войска 3-го Украинского фронта, имевшие 407 тыс. чел., до 7 тыс. орудий и минометов, 407 танков и САУ, 965 самолетов. По танкам и САУ немцы превосходили наши войска в 2,1 раза, причем много было тяжелых танков «Пантера» и «Тигр», в том числе оснащенных приборами ночного видения. Но стойкая оборона советских войск в ходе Балатонской оборонительной операции 6—15 марта 1945 г. сломала все расчеты врага. – Ред.)
В полк поступил приказ о направлении командира полкового взвода связи, оберштурмфюрера СС Хентшеля, в училище связи в городе Лейтмеритц. Это чувствительная потеря для полка, так как в настоящее время трудно было найти ему достойную замену.
Во время этих боев был легко ранен начальник оперативного отдела штаба 2-й танковой дивизии СС «Дас Рейх», оберштурмбаннфюрер СС Штюклер, который находился в первых рядах атакующих бойцов полка СС «Дер Фюрер». Находившийся вместе с ним в бронетранспортере начальник разведки дивизии, гауптштурмфюрер СС Ковач, получил смертельное ранение.