Летные испытания проводил летчик-сдатчик завода А.А. Ульсен, в качестве летнаба в полетах участвовал старший военный представитель 4-го отдела Управления ВВС РККА на заводе № 31 военинженер 3 ранга И.Г. Загайнов. Результаты испытаний в целом удовлетворили заказчика.
Из недостатков отмечалась вибрация хвостового оперения на больших углах атаки, попадание воды в реданную коробку и отслаивание полотна на днище лодки, коробление обшивки борта ниже ватерлинии. Тем не менее, предписывалось после устранения недостатков начать строительство серии для проведения войсковых испытаний МБР-2 в частях морской авиации.
К этому времени крупные перемены происходят в судьбе самого Г.М. Бериева. 9 августа 1934 г. Правительство приняло решение о создании при авиационном заводе № 31 Центрального конструкторского бюро морского самолетостроения (ЦКБ МС) во главе с Георгием Михайловичем, в исполнение чего в тот же день был издан приказ по ГУАП № 2 44/260.
20 сентября выходит еще один приказ по ГУАП № 56/334, в котором утверждается положение о ЦКБ МС завода № 31, его штатный состав и определяется срок окончания формирования ЦКБ МС — не позднее 1 октября 1934 г. Этим же приказом определялся план работ нового конструкторского бюро, в числе которых, помимо амфибии МБР-5 и корабельного гидросамолета КОР-1, было создание усовершенствованного варианта МБР-2 с новым отечественным двигателем М-34 (АМ-34). Сам самолет было необходимо предъявить на государственные испытания 1 августа 1935 г. После чего эта машина должна была стать эталоном для серийного производства.
Вместе с Г.М. Бериевым в Таганрог приехала группа конструкторов и инженеров завода № 39. Эти 40 человек и стали ядром создаваемого ЦКБ. Но этого количества специалистов было крайне мало. Ведь по штатному расписанию численность ЦКБ МС составляла 179 человек, в том числе 66 инженеров и более 70 техников. Кроме того, было ясно, что бывших москвичей надолго удержать в провинции не удастся (что и подтвердилось впоследствии). Поэтому основная ставка при формировании коллектива была сделана на выпускников Новочеркасского и Казанского авиационных институтов, а также Таганрогского авиационного техникума. Одновременно с решением массы организационных и хозяйственных вопросов нужно было запускать в серийное производство гидросамолет МБР-2 с мотором М-17. В этой сложной ситуации огромную помощь молодому главному конструктору оказал директор завода № 31 Ф.П. Мурашев. Во многом благодаря ему, опытному организатору и энергичному хозяйственнику, ЦКБ быстро развернуло свою работу на новом месте.