Далеко не все противоречивые результаты, полученные при исследовании подпорогового эффекта, можно объяснить чувствительностью используемого индикатора. Важное значение имеет функциональное состояние центральной нервной системы субъекта. У здоровых людей в бодрствующем спокойном состоянии без признаков явного умственного или физического утомления пороги слухового ощущения и упомянутых выше физиологических реакций не совпадают только эпизодически и, как правило, в начале исследования. По мере повторения измерений порога осознания сигнала в результате тренировки он заметно снижается, вследствие чего подпороговая зона действия неосознаваемых стимулов может полностью исчезать.
Феномены окружающего мира, воздействующие на организм человека мимолетно или более длительно, создают определенную и изменчивую картину функциональных отношений между разными областями центральной нервной системы. В обычной жизни, в условиях нормальной деятельности человека на его органы чувств одновременно или в той или иной последовательности «падает» множество раздражений различной модальности и значимости. Взаимовлияния нервной импульсации, поступающей в головной мозг из разных органов чувств, приводят к временным изменениям возбудимости отдельных его участков — повышению в одних и понижению в других. При этом могут создаваться такие функциональные взаимоотношения в центральной нервной системе, при которых ответные реакции организма на часть поступающих извне раздражений будут осуществляться на бессознательном уровне. В специальных опытах было показано, что у здоровых людей понижение чувствительности слуховой системы происходит в результате переноса фокуса внимания испытуемого на зрительные объекты. Это достигается, например, таким образом: во время процедуры определения порога осознания звукового стимула испытуемый должен считать число предъявляемых в промежутках световых вспышек и определять длительность каждой из них. На этом фоне начинают регистрироваться кожно-гальванические реакции на неосознаваемые звуки, до этого не отмечаемые.
Наиболее ярко значение функционального состояния субъекта в проявлении действия на его организм неосознаваемых стимулов видно в ситуации с эмоциями. Психиатрам и психологам хорошо известны наступающие под влиянием сильных эмоций у эмоционально мобильных людей своеобразные изменения сознания, обозначаемые термином «сужение сознания». В этих случаях происходит сосредоточение субъекта на узком круге эмоциональных переживаний с выключением из сознания ряда явлений окружающей среды. Расстраивается способность правильно оценивать обстановку, хотя человек может совершать вполне координированные действия, реагировать на часть раздражителей внешнего мира.