В 1752 году Делиль издал в Париже карту, посвященную географическим открытиям в восточных морях. В русских правительственных кругах обратили внимание на допущенные Делилем ошибки и искажения, умаляющие заслуги русских мореплавателей. Разумовский поручил Миллеру составить опровержение, в котором «показать все нечестивые в сем деле Делилевы поступки». Миллер выполнил поручение, напечатав без подписи в издававшемся в Голландии журнале «Формея» резкую статью против Делиля, носившую заглавие «Письмо российского морского офицера к некой знатной персоне». Выступая с этой статьей, Миллер спасал свою репутацию в Петербурге, ибо ему еще в 1749 году было предъявлено обвинение в сговоре с Делилем о печатании за границей научных материалов, собранных в России.
Вступив в управление Географическим департаментом, Ломоносов прежде всего поднял дисциплину и положил конец распущенности и дармоедству. Меры к этому были приняты им еще в 1757 году, после вступления в должность члена Академической канцелярии. В октябре этого года от имени Разумовского была предложена «Инструкция Географическому департаменту», составленная при ближайшем участии самого Ломоносова (сохранился черновик с его поправками). Инструкция предлагает профессорам и адъюнктам, причисленным к департаменту, собираться регулярно на научные собрания «по однажды в неделю», заранее намечать программу следующих заседаний, содержать «порядочный журнал», профессорам «преподавать каждому по своей науке все к сочинению вновь или к поправлению прежних карт», адъюнктам «упражняться в действительном сочинении тех карт». Профессора обязаны показывать адъюнктам «потребные известия», то есть знакомить их с достижениями географической науки, «выбирая новейшие и достовернейшие». Адъюнкты должны наставлять студентов, которые «в геодезии и в сочинении карт еще довольно не искусились». Члены департамента — профессора и адъюнкты — должны быть там ежедневно «до полудни», а студентам «на послеполуденное время задавать работу».
Ломоносов настаивает на том, чтобы «адъюнктам Географического департамента иметь равный голос в заседаниях» с профессорами и дозволить им «свое мнение и сумнительства пристойным образом предлагать». Узаконивает инструкция и права студентов посещать научные заседания и, «сидя за стульями членов, слушать их рассуждения и оными пользоваться».
Особое внимание обращает Ломоносов на хранение географических материалов, отлично сознавая их государственную важность, а в некоторых случаях секретность. Для этого он предлагает разделить обязанности адъюнктов: одному вести журнал заседаний, а другому «иметь в своем хранении» все карты, и «ежели оным не учинено по сие время точной описи, то оную сделать немедленно». При этом Ломоносов вводит особое строжайшее правило: «Без позволения Академии Наук г. президента или академической Канцелярии членам Географического департамента никаких имеющихся во оном еще неопубликованных карт или других известий никому на сторону не сообщать. В противном случае подлежать имеют за то тяжкому ответу». Кроме того, предлагается всем членам департамента «не записав в журнал ничего на дом к себе не брать». Ломоносов рассчитывал положить конец такому положению, при котором русские географические материалы нелегально просачивались за границу.