В средние века была заложена основа научной критики Библии. Несомненная заслуга в этом принадлежит Бенедикту Спинозе впервые аргументировано подвергший критике библейское учение в своём произведении "Богословско-политический трактат" [41 с. 51]. В дальнейшем фундаментальные работы в этой области принадлежали Ж.Астрюку, М. Де Ветте, К.Графу, Ю.Вельгаузену.
Бурное развитие науки в этот же период поставило под вопрос многие догмы христианской религии, особенно о сотворении и устройстве вселенной. Позже, уже в XVIII–XIX веках в результате археологических раскопок было доказано, что некоторые исторические данные в Библии не соответствуют действительности. Например,
"в Библии определенной даты возникновения вселенной нет. Зато в ней содержится много отдельных указаний относительно времени жизни тех или иных персонажей, продолжительности некоторых событий и эпизодов, а также некоторые другие данные. На основании этих указаний экзегеты и вообще богословы пытались установить дату сотворения мира, от которой можно уже вести хронологию других событий библейской истории, как и вообще истории человечества в тех пределах, которые охватываются Библией. Но основа таких исчислений оказалась настолько шаткой, что как в целом, так и в частностях хронологические системы, разработанные различными авторами, мало, в чем согласуются между собой. В общем, таких систем еще в XVIII веке насчитывалось около 200. Укажем только на две из них. Первая разработана английскими богословами Ущером и Лайтфутом. Она исходит из того, что мир был сотворен Богом за 4004 г. до н. э. Вторая версия признается православной церковью и относит сотворение мира к 5008 г. до н. э." [27, c. 93].
То же самое относится к Библейскому повествованию о Всемирном потопе и ковчеге Ноя. Вот, что говорится в Библии по этому поводу:
"Истребилось всякое существо, которое было на поверхности (всей) земли; от человека до скота, гадов и птиц небесных… остался только Ной, и что было с ним в ковчеге" [7, c. 10].
Согласно этой цитате следует, что потоп был всемирным и уничтожил всю жизнь на земле, за исключением Ноя, его семьи и всего того, что было с ним в ковчеге. Однако это противоречит научным данным.
"Если бы потоп уничтожил всё человечество, то невозможно было бы для Авраама, который пришёл через три столетия, найти человечество, разделенное на различные народы и расы, тем более, если это человечество пошло от трёх сыновей Ноя: Сима, Хама, Иафета и их жён. Более того, Авраам помещён в период 1800–1850 гг. до нашей эры, и в таком случае потоп должен был произойти где-то в XXI или XXII веках до нашей эры. Но современная историческая наука утверждает, что в этот момент существовали цивилизации в различных частях мира, и мы имеем их останки для доказательства их существования. В Египте, например, это был период, предшествующий среднему царству (2100 гг. до нашей эры), как промежуточный период Одиннадцатой династии. В Вавилоне это была третья династия Ура. Можно с уверенностью сказать, что каких-то переломных моментов в истории этих государств в тот период не было. Таким образом, этот период не был временем всеобщего разрушения" [31, c. 69].